Odpowiedni termin wyrywania cebuli jest bardzo istotny, ponieważ opóźniony lub zbyt wczesny zbiór może być powodem tego, że warzywa będą źle się przechowywać. Główki warzywa, które przebywały w ziemi za długo mogą się na nowo ukorzeniać i ponownie wchodzić w czas dojrzewania. Zbyt wczesny zbiór cebuli również nie jest odpowiednim terminem.

Termin zbioru każdego roku jest inny, ponieważ jest uzależniony od warunków pogodowych.

Cebula jest dojrzała i nadaje się do wyrwania w momencie, gdy się zaobserwuje, że 70-80% roślin ma załamany szczypior. Uwagę należy zwrócić również na to, czy część liści jest nadal zielona (3-4 liście na każdej główce). Błędem jest zbieranie plonów, gdy szczypior jest już całkowicie uschnięty, a także gdy załamie się 50% liści.

Na zbiór dojrzałej cebuli najlepiej wybrać pogodny, bez opadów dzień, gdyż pogoda deszczowa w momencie wykopywania główek przyczyni się do skrócenia okresu magazynowania plonów. Wilgotne cebule źle się przechowują i mogą gnić.

Cebulę zbiera się w dwóch etapach.

Najpierw wykopuje lub wyrywa się warzywa w zależności od gleby, na której rosły. Wyrwane główki pozostawia na grządce do podsuszenia na przez 7-10 dni, co jakiś czas obracając warzywa.

Z podsuszonych główek usuwa się zaschniętą glebę, zbiera się do skrzynek czy innych pojemników i przenosi się w miejsce, gdzie będą dłużej przechowywane.

Podsuszanie cebuli po zbiorach jest czynnością, której nie należy pomijać. Zabieg ten sprzyja temu, że warzywa mogą być przechowywane przez cały rok, nie tracąc na jakości. Terminu podsuszania wykopanej cebuli nie należy także przedłużać, ponieważ jeżeli będzie zbyt długo leżała na grządce to zostanie narażona na działanie szkodników czy czynników chorobotwórczych.

Po zbiorach urodzaju należy starannie się przyjrzeć plon i wyselekcjonować. Do długoterminowego magazynowania nadają się główki cebuli nieuszkodzone i bez zmian chorobowych. Podczas segregowania cebul przeznaczonych do dłuższego przechowywania należy odrzucić sztuki wilgotne i te, które mają grubą szyjkę. Magazynować należy zdrowe cebule z całkowicie suchą łuską oraz cienką szyjką.

Cebulę można przechowywać długoterminowo na kilka sposobów, sprawdzonych i znanych od wieków. Najpopularniejszym jest wyplatanie warkoczów z cebuli. Do zrobienia takiej plecionki, przygotowuje się długi kawałek sznurka jutowego, na którego końcu robi się pętlę. Zawiesza się pętlę na haku lub gwoździu na ścianie; następnie dobiera się dwie cebule o długich, zasuszonych szczypiorach; oba szczypiory oraz sznur utworzą trzy końce, które należy zapleść na wzór tradycyjnego warkocza; po jednokrotnym przełożeniu pasm dokłada się dwie cebule z każdej strony, mocno je zaciskając.

Czynność powtarza się dotychczas aż plecionka osiągnie pożądaną długość.

Następnie plecionkę zawiesza się w przewiewnym, suchym i chłodnym miejscu. Warkocz można uzupełnić również podsuszonymi główkami czosnku.

Przechowywanie cebuli może być też w pojemnikach z naturalnych materiałów, do których należą drewniane skrzynie lub wiklinowe kosze. Poprawnie wysuszone warzywa można przetrzymywać również w przepuszczających powietrze workach z juty czy lnu.

Magazynowanie cebuli w pończochach, to także odpowiednia metoda na przechowywanie cebuli. Główki umieszcza się w pończosze, zawiązując między nimi pętle, aby warzywa ze sobą się nie stykały i zawiesza się w chłodnym, dobrze wentylowanym miejscu, np. pod sufitem w suchej piwnicy.

W przypadku, jeżeli plony są bardzo obfite i mogą wystarczyć na całą zimę, to do magazynowania najlepiej wybrać odpowiednie pomieszczenie, np. spiżarnię, piwniczkę, altanę lub strych.

W wybranym pomieszczeniu musi być niska wilgotność powietrza (65-75%) oraz temperatura ok. 0°C.

Plony przechowuje się w takich pomieszczeniach w pudłach kartonowych z otworami wentylacyjnymi lub bezpośrednio na podłodze, zabezpieczając ją warstwą styropianu. W odpowiednich warunkach cebula może być przechowywana nawet przez rok.