„Jau antrus metus auditoriai konstatuoja tą patį faktą: valstybė savo įsipareigojimus vykdo ir kompensacijoms skirtas lėšas fondas gauna, tačiau panaudoti jas įstatyme numatytiems bendruomenės tikslams – delsiama", – apibendrindama audito rezultatus sakė valstybės kontrolierė Giedrė Švedienė.
2012 m. fondui buvo pervesti 3 mln. litų antrojo pasaulinio karo metais Lietuvoje gyvenusiems ir nuo totalitarinių režimų okupacijų laikotarpiu nukentėjusiems žydų tautybės asmenims remti, tačiau kompensacijos iš šių lėšų 2012 m. nebuvo mokamos. Fondas iki 2013 m. gruodžio 31 d. buvo įsipareigojęs išmokėti ne mažiau kaip pusė 2012 m. gautos sumos, t.y. 1,5 mln. Lt, tačiau auditoriai nustatė, jog iš šios sumos buvo išmokėta tik 960 tūkst. Lt. 2012 m. buvo dar tik sudarinėjami į kompensaciją galinčių pretenduoti asmenų sąrašai, todėl procesas užtruko, be to, tai susiję su keblumais gaunant reikiamus dokumentus, tikrinant asmens bylas ir siekiant, kad neatsirastų asmenų, siekiančių neteisėtai nepasinaudoti kompensacijų lėšomis.
2013 metais į fondą buvo pervesta 12,5 mln. litų Lietuvos žydų religiniams, kultūros, sveikatos apsaugos, sporto, švietimo ir mokslo projektams finansuoti. Kadangi projektų įgyvendinimo darbams fondas nebuvo pasiruošęs, todėl ir šios lėšos nebuvo naudojamos. Tik 2014 metų sausio mėnesį fondas paskelbė projektų pateikimo tvarką ir ėmėsi projektų vykdymo.
Valstybės kontrolė po 2012 metais atlikto audito pateikė rekomendaciją Ministro Pirmininko tarnybai spręsti klausimą dėl palūkanų, uždirbtų nuo nepanaudotų valstybės biudžeto lėšų, pervedimo į valstybės biudžetą. Atsižvelgdama į Valstybės kontrolės rekomendacijas, Vyriausybės kanceliarija parengė ir pateikė Seimui svarstyti Geros valios kompensacijos už žydų religinių bendruomenių nekilnojamąjį turtą įstatymo pakeitimo ir papildymo įstatymo projektą.
