Tačiau kai kurių institucijų darbuotojams už gerai atliktas papildomas užduotis, susijusias su pirmininkavimu ES Tarybai, buvo skirtos tam tikros išmokos. URM atstovų teigimu, vienkartinėms išmokoms pernai ministerija išleido 270 tūkst. litų. Galimybė skirti lėšų pirmininkavimo funkcijas atliekančių asmenų motyvacijos sistemai įgyvendinti buvo numatyta pirmininkavimo ES Tarybai tarpinstituciniame plane.

Kai kurios ministerijos darbuotojams, vykdžiusiems papildomas užduotis, susijusias su pirmininkavimu ES Tarybai, skyrė priemokas. Pavyzdžiui, Sveikatos apsaugos ministerijoje išmokėta priemokų už 220 tūkst. litų. Krašto apsaugos ministerija pernai priemokoms išleido daugiau kaip 67 tūkst. litų, Žemės ūkio ministerija irgi mokėjo priemokas už įprastą darbo krūvį viršijančią veiklą, susijusią su papildomomis pirmininkavimo ES Tarybai funkcijomis.

Skaičiuojama, kad iš pirmininkavimui skirtų lėšų - 214 mln. litų - valstybės institucijoms pavyko sutaupyti apie 30 mln. litų. URM atstovų teigimu, ministerija sutaupytus pinigus Vyriausybės sprendimu skyrė skoloms tarptautinėse organizacijose padengti, o likusios lėšos grąžintos į biudžetą.