Do gnicia owoców śliwy na drzewie przyczynia się brunatna zgnilizna drzew pestkowych, którą wywołuje grzyb Monilia Iaxa.
Inną przyczyną mogą być gnijące śliwki, które nie odpadły z drzewa i z czasem zaschły, więc stały się miejscem bezpiecznego zimowania zarodników grzyba.
Doświadczeni ogrodnicy doradzają, by podczas rozwoju pąków oraz kwitnienia wykonywać opryski śliw naturalnymi wywarami, m.in. ze skrzypu polnego, krwawnika pospolitego lub chrzanu.
Natomiast głównym zagrożeniem dla dojrzewających w ogrodzie śliwek są owady i ptaki, które nie tylko pustoszą plon, ale ponadto przenoszą groźne patogeny, wywołujące choroby odpowiedzialne za gnicie owoców śliwy. Aby zabezpieczyć drzewka owocowe przed ptakami, ogrodnicy polecają użycie agrowłókniny, siatki lub firanek.
Jednakże jest o wiele trudniej całkowicie ochronić śliwy przed owadami. Owocówka śliwkóweczka to jeden z najgroźniejszych szkodników czyniących spustoszenie w owocach śliwy. Owocówka śliwkóweczka składa jaja na dojrzewających śliwkach, a wylęgające się z nich larwy żerują wewnątrz owocu i zanieczyszczają go odchodami. Obecność tych szkodników da się zaobserwować po wyraźnie widocznej kleistej mazi, która wypływa z uszkodzonej skórki. Uszkodzone owoce w szybkim tempie stają się ofiarami wtórnych infekcji grzybiczych, przyspieszających procesy gnilne.
Natomiast przyszłym kłopotom związanym z gniciem owoców wyrastających na śliwach da się zapobiec już na etapie dopasowania odpowiedniego stanowiska do uprawy. Drzewka śliwy preferują miejsca zaciszne, a jednocześnie dość słoneczne. Niedobór naturalnego światła dodatkowo sprzyja rozwojowi chorób grzybowych.
Do prawidłowego wzrostu śliwy wymagają podłoża ciężkiego i wilgotnego, chociaż nie może ciągle stać w nim woda, ponieważ nadmiar wilgoci ogranicza wzrost drzewa i naraża je na rozwój chorób, z których powodu zaczną gnić owoce. W przypadku, jeśli jedynym terenem, na którym można posadzić śliwę, jest miejsce z płytko zlokalizowanymi wodami gruntowymi, specjaliści doradzają usypanie specjalnych kopców z ziemi. Taki sposób pomoże ochronić system korzeniowy przed nadmiernie wilgotnym środowiskiem.
Należy też pamiętać o prześwietlaniu koron drzew, starannie usuwając gałęzie rosnące do środka, nadmiernie się ze sobą krzyżujące oraz zagęszczające koronę. Ten zabieg daje możliwość lepszego doświetlenia oraz dotlenienia rozwijających się owoców, jednocześnie likwidując siedliska szkodników.
Nieregularne zbieranie dojrzałych owoców również przyczynia się do ich gnicia na drzewie. Przejrzałe i nadpsute owoce nie tylko nie nadają się do spożywania, ale przyciągają też ptaki i owady, co dodatkowo naraża drzewka owocowe na rozwój licznych infekcji.
Śliwy są wyjątkowo wrażliwe na deficyt boru - pierwiastka chroniącego przed nadmiernym pękaniem i ordzawianiem śliwek. Niedobór lub nadmiar makro- i mikroelementów najczęściej związany jest z nieodpowiednim nawożeniem śliwek. Niedosyt mikroelementów może przyczynić się do porażenia owoców przez choroby, czego skutkiem będzie ich gnicie wprost na drzewach.
Pęknięcia, rozpadający się miąższ oraz szybki rozwój procesów gnilnych to także pokłosie braku wapnia.
Natomiast nieumiejętne nawożenie - dostarczenie drzewom śliwkowym zbyt dużej ilości potasu i azotu ma wpływ na bardziej wodnistą konsystencję owoców, co dodatkowo osłabia ich odporność.
Na gnicie owoców śliw ma także wpływ nagłe wahania temperatur, a zwłaszcza silne przymrozki późną wiosną. Podczas przymrozków najbardziej narażone są kwiaty oraz zalążki owoców, które ulegają uszkodzeniu już w temperaturze zbliżającej się do 0 st. C.
Drzewko śliwy ma płytki system korzeniowy, podatny na szkody związane z silnym mrozem. Jeśli w terminie przymrozków dojdzie do osłabienia rośliny, to przez cały sezon będzie bardziej narażona na infekcje, a w rezultacie może zostać porażona brunatną zgnilizną drzew pestkowych, która odpowiada za gnicie śliwek na drzewach. Aby ochronić drzewka owocowe przed przemarznięciem, doświadczeni ogrodnicy polecają ściółkowanie ziemi oraz zabezpieczanie pni śliw matami słomianymi, a koronę okrywać specjalną agrowłókniną.