Lietuvoje valstybinę maisto kontrolę atlieka Valstybinė maisto ir veterinarijos tarnyba kartu su jai pavaldžiu Nacionaliniu maisto ir veterinarijos rizikos vertinimo institutu, kuris atlieka rizikos vertinimą ir laboratorinius maisto tyrimus. Auditoriai priekaištų neturėjo nei dėl maisto tvarkymo subjektų tikrinimo procedūrų, nei jų periodiškumo. Pasienio veterinarijos postuose, kur tikrinamos visos iš trečiųjų šalių įvežamos pašarų ir maisto siuntos, tikrinimų ir laboratorinių tyrimų skaičius didėja, o pažeidimų nustatoma vis mažiau (2012 m. buvo nustatyta 2,8 proc. pažeidimų, 2011 m. – 2,1 proc., 2013 m. – 0,7 proc.).
Viešojo maitinimo įstaigose patikrinimų taip pat daugėja, tačiau čia nustatomų pažeidimų lygis trejus metus iš eilės išlieka aukštas – per 40 proc. Ketvirtadalis šių pažeidimų – reikšmingi, už juos buvo taikytos poveikio priemonės. Auditoriai taip pat pažymi, kad priemonės, užtikrinančios genetiškai modifikuotų organizmų (GMO) kontrolę, nėra pakankamos. GMO mėginių tyrimų atliekama mažai (0,014 proc. visų tyrimų), nors pažeidimų dalis, palyginti su kitais pažeidimais – triskart didesnė. Be to, šių tyrimų skaičius nuo 2008 m. sumažėjo daugiau nei tris kartus, pranešama Valstybės kontrolės pranešime spaudai.
Valstybiniai auditoriai atsitiktinės atrankos būdu atliko kai kurių maisto produktų tyrimus. Buvo nustatyta, kad viename (iš dviejų) dešrelių mėginyje baltyminių mėsos pakaitalų kiekis leidžiamą normą viršijo daugiau nei 6 kartus, o fosfatų kiekis leistiną maisto priedo kiekį viršijo abiejuose mėginiuose. Nacionalinis maisto ir veterinarijos rizikos vertinimo institutas netiria pridedamo fosfatų kieko mėsos gaminiuose, nes tyrimais nėra galimybės atskirti natūraliai mėsoje susidarančio fosfatų kiekio nuo pridėto. Bendras (t. y. ir pridedamas, ir susidarantis natūraliai) leistinas jo kiekis gaminiuose nėra reglamentuotas. Todėl bet koks fosfatų perviršis gali būti aiškinamas kaip susidaręs natūraliai ir gamintojai gali tuo piktnaudžiauti.
Auditoriai nustatė, kad Nacionaliniame maisto ir veterinarijos rizikos vertinimo institute, kur atliekami laboratoriniai maisto tyrimai, trečdalis įrangos naudojama ilgiau nei 10 metų, todėl didėja gedimų ir ilgiau užtrunkančių tyrimų rizika. Per metus atliekama per milijoną tyrimų, o pusė auditorių peržiūrėtos technikos genda 1-5 kartus per metus.
Audito rezultatai rodo ir tai, jog vartotojai ne visada tinkamai informuojami apie į rinką patekusius nesaugius maisto produktus.
Valstybinei maisto ir veterinarijos tarnybai pateiktos rekomendacijos, padėsiančios efektyviau užtikrinti maisto saugą Lietuvoje.