Anot Švietimo ir mokslo ministerijos pranešimo, instituto direktorė ilgą laiką netinkamai vykdė nustatytas funkcijas, neužtikrino instituto veiklos atitikties Lietuvos įstatymams ir kitiems teisės aktams, tinkamo, racionalaus ir tausaus išteklių naudojimo bei veiksmingos finansų kontrolės.
Šių metų pradžioje atliktus instituto auditą, nustatyta reikšmingų instituto veiklą reglamentuojančių teisės aktų pažeidimų, tarp jų ir neištaisytų po ankstesnių patikrinimų.
Nustatyta, kad institutas neįvykdė įsipareigojimų grąžinti į valstybės biudžetą netinkamai panaudotas lėšas (47,7 tūkst. eurų); instituto direktorė, nesuderinus su darbdaviu, buvo papildomai įdarbinta instituto vykdomame tarptautiniame finansuojame projekte; darbuotojams, užimantiems vienodas pareigas, buvo nustatyti nepagrįstai skirtingi darbo užmokesčio koeficientai. Apie šio audito išvadas instituto vadovė buvo informuota ir įspėta, kad per dvylika mėnesių antrą kartą nustačius tokius pat pažeidimus, darbo sutartis su ja gali būti nutraukta.
2018 metų balandžio mėnesį baigtas pakartotinis instituto auditas vėl nustatė tokių pačių ir naujų direktorės veiklos pažeidimų. Nustatyta, kad institutas pirko paslaugas iš individualią veiklą vykdančių instituto darbuotojų, nors tokio paties pobūdžio darbams atlikti jame buvo įsteigti valstybės finansuojami etatai. Paslaugos buvo perkamos iš instituto darbuotojų artimųjų ar giminystės ryšiais susijusių asmenų. Užsakant lietuvių kalbos tyrimus ir ekspertizes, nebuvo sudaromos sutartys, o mokslininkams už atliktas ekspertizes buvo apmokama neskaidriai ir nevienodai.
2018 m. gegužės 23 d. Vyriausioji tarnybinės etikos komisija pripažino, kad E. J. Zabarskaitė pažeidė Viešųjų ir privačių interesų derinimo valstybinėje tarnyboje įstatymo nuostatas, nepateikdama duomenų apie vykdytą individualią veiklą bei papildomas pareigas institute, taip pat šio įstatymo ir instituto mokslo tarybos darbo reglamento nuostatas dėl mokslo tarybos nario pareigos nusišalinti priimant sprendimus savo paties atžvilgiu, kai buvo svarstomi direktorės kartu su bendraautoriais parengtos monografijos leidybos klausimai. Direktorė pasirašė šios monografijos leidybos sutartį su UAB „Proit“, kurioje tuo metu dirbo jos sūnus.
E. J. Zabarskaitė šiai mokslo įstaigai vadovavo nuo 2003 metų.
Atleidus direktorę, institutui laikinai vadovaus Albina Auksoriūtė. Artimiausiu metu bus skelbiamas naujo Lietuvių kalbos instituto vadovo konkursas.
