2012 m. EK deklaruotų išlaidų tinkamumas buvo vertinamas statistinės atrankos metodu atrinkus 61 mokėjimo prašymą, susijusį su visų įgyvendinančiųjų institucijų administruojamomis paramos priemonėmis. Kartu buvo įvertinta daugiau nei 470 viešųjų pirkimų, kuriuos atliko projektų vykdytojai. Patikrinus minėtus mokėjimo prašymus, kurių vertė 206,2 mln. Lt, nustatyta, kad ES ir nacionalinių teisės aktų reikalavimų neatitinkančios išlaidos juose sudarė 1,6 mln. Lt. Tačiau labiausiai tikėtina klaida (statistiškai apskaičiuojamas rodiklis) deklaruotose išlaidose sudarė 1,64 proc. nuo visų 2012 metais EK deklaruotų išlaidų ir neviršijo ES teisės aktuose nustatyto toleruotino 2 proc. reikšmingumo lygio.
Audito metu Valstybės kontrolė VKS sudarančioms institucijoms pateikė 53 pastebėjimus bei rekomendacijas. Dalį šių rekomendacijų institucijos įgyvendino jau audito metu. Ateityje dar turės būti įgyvendintos 29 rekomendacijos, skirtos tobulinti VKS ir šalinti trūkumus, susijusius su deklaruotomis išlaidomis.
Seimo nutarimu 2007–2013 m. ES paramos lėšų audito funkcija pavesta Valstybės kontrolei, kuri kasmet EK rengia metinę kontrolės ataskaitą ir metinę nuomonę apie paramos administravimo sistemos veikimo efektyvumą ir EK deklaruotų išlaidų teisėtumą ir teisingumą. Valstybiniai auditoriai kasmet įvertina 28 institucijų, sudarančių valdymo ir kontrolės sistemą Lietuvoje, veiklą administruojant ES paramą, teikiamą transporto, sveikatos priežiūros, verslo skatinimo, užimtumo, turizmo, viešojo administravimo, aplinkosaugos ir kitose srityse. Audito metu taip pat tikrinami paramos gavėjų įgyvendinami projektai, kurių išlaidos buvo deklaruotos EK.
Seimo pavedimu šią funkciją Valstybės kontrolė vykdys ir kitu, 2014–2020 m. ES struktūrinės paramos periodu. 2014 metais bus atliekamas atskiras auditas, kurio metu bus vertinama VKS institucijų atitiktis jų paskyrimo kriterijams, taip pat bus rengiama audito strategija, kuri apims visą 2014–2020 m. ES struktūrinės paramos, numatytos Lietuvai, laikotarpį.
Valstybinio audito ataskaita: Dėl veiksmų programų, įgyvendinančių Lietuvos 2007–2013 metų ES struktūrinės paramos panaudojimo strategiją konvergencijos tikslui įgyvendinti, valdymo ir kontrolės sistemos veikimo bei Europos Komisijai 2012 metais deklaruotų išlaidų
Valstybinio audito išvada: Dėl veiksmų programų, įgyvendinančių Lietuvos 2007–2013 metų Europos Sąjungos struktūrinės paramos panaudojimo strategiją konvergencijos tikslui įgyvendinti, valdymo ir kontrolės sistemos veikimo bei Europos Komisijai 2012 metais deklaruotų išlaidų
