VMI primena, kad mokesčių fondo apskaita, kaip to reikalauja teisės aktai, tvarkoma dvejybinio įrašo principu, tačiau dėl Mokesčių apskaitos informacinės sistemos (MAIS) techninių ribojimų (greitaveikos) Didžioji knyga sudaroma alternatyviomis pusiau automatizuotomis priemonėmis, naudojant duomenis iš pirminių sistemos modulių. Greitaveikos ribojimų klausimas šiuo metu sprendžiamas kartu su partneriais - kompanijomis „Oracle" ir „Affecto". VMI sisteminėmis ir organizacinėmis priemonėmis užtikrina, kad MAIS-e mokesčių fondo įvykiai ir operacijos (prievolės, pinigai, pajamos, perverstinos sumos ir kt.) būtų visos patikimai ir tiksliai užregistruojamos ir atliekami privalomi sudengimai bei paskirstymai.

VMI jau įgyvendina Valstybės kontrolės išvadose nurodytas rekomendacijas ir per mėnesį planuoja 70 proc. jų baigti.

ELTA primena, kad Valstybės kontrolė, baigusi 2012 m. finansinius (teisėtumo) auditus, surašė sprendimus dėl reikšmingų teisės aktų pažeidimų, be kitų institucijų, ir Valstybinės mokesčių inspekcijos mokesčių fonde.

Audito metu nustatyta, kad Valstybinės mokesčių inspekcijos mokesčių fonde nebuvo sudaryti patvirtinti apskaitos registrai ir tarpinės finansinės ataskaitos, kuriant Mokesčių apskaitos informacinę sistemą testavimo rezultatai priimti neįsitikinus, kad sistema atitinka specifikacijoje ir projekte numatytus reikalavimus, gyventojų pajamų mokestis tarp valstybės ir savivaldybių biudžetų ne visais atvejais paskirstytas pagal teisės aktus. Dėl šių pažeidimų valstybės kontrolieriaus pavaduotojo sprendimu finansų ministras įpareigotas pažeidimus padariusius asmenis patraukti tarnybos ar drausminėn atsakomybėn.