VTPSI prie Aplinkos ministerijos kreipėsi į Vilniaus apygardos administracinį teismą, prašydama panaikinti kaip neteisėtą Vilniaus miesto savivaldybės administracijos 2013-ųjų rugsėjo 26 d. išduotą leidimą statyti atliekų deginimo gamyklą Vilniuje, Jočionių g., ir laikinai, iki teismo sprendimo įsiteisėjimo dienos, sustabdyti šio leidimo galiojimą. Teismas laikinai sustabdė leidimo galiojimą, iki įsiteisės teismo sprendimas šioje byloje.
Sausio 20 d. Vilniaus apygardos administracinis teismas gavo Vilniaus miesto savivaldybės administracijos prašymą patvirtinti tarp šalių sudarytą taikos sutartį ir administracinę bylą nutraukti. Pareiškėjas atsisakė byloje pareikšto prašymo. Atsižvelgdamos į tai, kad Valstybinė energetikos inspekcija prie Energetikos ministerijos patikrino Gamyklos projektą ir 2014-01-14 raštu išreiškė poziciją, kad jis neprieštarauja Statybos leidimo išdavimo metu galiojusiems teisės aktų reikalavimams, šalys konstatavo, kad taip buvo pašalintas sutartyje nurodytas pažeidimas.
Vasario 12 d. nutartimi teismas nutraukė administracinę bylą ir patvirtino tarp VTPSI, Vilniaus miesto savivaldybės administracijos, Vilniaus visuomenės sveikatos centro ir trečiojo suinteresuoto asmens UAB „Reenergy" 2014-01-20 sudarytą taikos sutartį. Bylą nutraukus, vėl kreiptis į teismą dėl ginčo tarp tų pačių šalių dėl to paties dalyko ir tuo pačiu pagrindu šalys neturės galimybės.
Pasak VAAT pirmininkės padėjėjos ryšiams su visuomene Sigitos Jacinevičienės-Baltaduonės, nutartis per 7 dienas nuo paskelbimo gali būti skundžiama atskiruoju skundu Lietuvos vyriausiajam administraciniam teismui per Vilniaus apygardos administracinį teismą.