Švietimo, mokslo ir sporto ministerija pastaruoju metu gauna daug įvairių skundų iš Alytaus kolegijos darbuotojų, akademinės bendruomenės, taip pat kitų valstybės institucijų persiųstų kreipimųsi dėl susiklosčiusios neeilinės situacijos kolegijoje.
Skundžiamasi nepalankia atmosfera studijoms, mokslinei veiklai ir darbui, suprastėjusia studijų kokybe, akademinės etikos principų nesilaikymu, informacijos stoka apie priimtus sprendimus bei valdymo organų priimtais sprendimais nesilaikant įstatymų ir juos įgyvendinančių teisės aktų, galimais interesų konfliktais tarp laikinai direktoriaus funkcijas atliekančios D. Remeikienės ir kitų asmenų, kurių veikla siejama su Alytaus kolegija, neteisėtomis kolegijos tarybos pirmininko rinkimo procedūromis, kad neteisėtai veikianti Alytaus kolegijos taryba priiminėjo sprendimus, kurie turėjo įtakos visai valstybinės kolegijos veiklai, taip pat neskaidriai organizuojamais naujais kolegijos direktoriaus rinkimais.
2018 metais, pažeidžiant Mokslo ir studijų įstatymą, Alytaus kolegijos taryba išrinko Danutę Remeikienę į direktorės pareigas trečiai kadencijai. Švietimo, mokslo ir sporto ministerija daug kartų kreipėsi į Alytaus kolegijos tarybą, prašydama atšaukti tokį neteisėtą sprendimą, tačiau jai to nepadarius, buvo priversta kreiptis į teismą. Teismas pripažino Alytaus kolegijos sprendimą neteisėtu ir negaliojančiu, tačiau Alytaus kolegijos taryba teismo sprendimų nevykdė dėl D. Remeikienės laikino nedarbingumo, o 2020 m. gegužės mėnesį D. Remeikienę atleidusi iš kolegijos direktorės pareigų, paskyrė ją laikinai eiti direktoriaus pareigas.
2018 m. Alytaus kolegijoje atliekant auditą buvo rasta daug buvusios vadovės D. Remeikienės darbo pažeidimų, o 2019 m. Vyriausioji tarnybinės etikos komisija yra pripažinusi, kad Alytaus kolegijos direktorė D. Remeikienė naudojosi pareigomis asmeninei naudai gauti bei įstaigos finansiniais ištekliais ne tarnybos tikslams ir tokiais veiksmais pažeidė viešųjų ir privačių interesų derinimo valstybinėje tarnyboje nuostatas.
Kadangi Alytaus kolegijos taryba su Švietimo, mokslo ir sporto ministerija nebendradarbiauja, į ministerijos prašymus atšaukti neteisėtus sprendimus nereaguoja, dėl kolegijos tarybos veiksmų ir kitų minėtų aplinkybių birželio 25 d. dėl situacijos Alytaus kolegijoje Švietimo, mokslo ir sporto ministerija kreipėsi į Generalinę prokuratūrą.
