Lietuva, kaip Čekija, Estija, Latvija, Rusija ir Slovėnija priklauso aukštos EE rizikos regionui (daugiau kaip 10 susirgimų atvejų 100 tūkst. gyventojų). Sergančių erkiniu encefalitu pradėjo daugėti 1975-1977 metais. Per metus buvo registruojama po 50-70 atvejų. Ypač Lietuvoje padaugėjo sergančių erkiniu encefalitu pastarąjį dešimtmetį (2000 m. buvo užregistruota 420 sergančių asmenų, 2001 m. – 298, 2002 m. – 168, 2003 m. – 765, 2004 m. – 425, 2009 m. – 605, 2010 m. – 612).
Žmonės EE dažniausiai užsikrečia įsisiurbus erkei, bet kartais gali užsikrėsti vartojant nevirintą, nepasterizuotą ožkų, avių, rečiau – karvių pieną ar jo produktus. Remiantis mokslininkų pateiktais duomenimis, yra žinoma, kad EE virusas gana ilgai išsilaiko piene ir pieno produktuose: buitiniame šaldytuve laikomame piene virusas gali būti nustatomas iki dviejų savaičių, o pieno produktuose (grietinėje, svieste) net ir po dviejų mėnesių.
Apie žmonių užsikrėtimą EE virusu per nepasterizuota pieną buvo pranešama Slovakijoje, Lenkijoje ir kitose Rytu Europos šalyse. Pavyzdžiui Čekijoje buvo užregistruota daugiau kaip 600 EE virusu užsikrėtusiųjų žmonių dėl to, kad jie vartojo nepasterizuotą galvijų arba ožkų pieną. Lietuvoje 2000 metais buvo pranešta, kad 4% visų sergančiųjų EE žmonių užsikrėtė vartodami nepasterizuotą pieną. Šiuo metu Lietuvoje kasmet yra registruojama keliolika EE atvejų, kada žmonės EE virusu užsikrečia vartodami nepasterizuotą ožkų pieną ar jo produktus.
EE klinikiniai požymiai ožkų populiacijoje dažniausiai lieka nepastebėti, todėl pagrindinis būdas infekcijai nustatyti yra laboratoriniai tyrimai. Mokslinių tyrimų rezultatai parodė, kad ožkų užsikrėtimo laipsnis EE virusu yra nevienodas ir su gyvulių amžiumi turi tendenciją didėti. Taip pat nustatyta, kad gyvuliai, laikomi tvartuose šiltuoju metų laiku, turi mažesnę tikimybę užsikrėsti EE virusu.
Specialistų manymu, efektyviausios priemonės norint išvengti šios ligos – skiepytis, ypač gyvenantiems didelės rizikos vietovėse. Rekomenduojama pasiskiepyti iki šiltojo metu laikotarpio, kol erkės neaktyvios. Galima naudoti erkes atbaidančias priemones (repelentus), tačiau reikėtų nepamiršti, jog visų repelentų poveikis yra trumpalaikis, todėl reikėtų įdėmiai skaityti instrukcijas ir juos naudoti nurodytais terminais.
Rekomenduojama nenaudoti maistui termiškai neapdoroto ožkų pieno ar jo produktų, ypač nepasiskiepijusiems nuo EE. Virinant pieną, erkinio encefalito virusas žūsta per 2 minutes, veikiant +70ºC temperatūrai – per 5 minutes. Siekiant apsaugoti gyvulius nuo erkių, rekomenduojama neganyti jų pamiškėse, aukštoje žolėje, bruzgynuose, miškuose ar drėgnose vietose, laikymo patalpose sistemingai kovoti su graužikais.
Pasaulyje yra apie 850 erkių rūšių, iš jų 8 rūšys yra įvairių ligų sukėlėjai ir pernešėjai. Erkės gali platinti daug pavojingų žmogui patogeninių virusų, bakterijų ir parazitų. Be erkinio encefalito Vidurio Europoje nustatomos ir erkių pernešamos parazitinės bei bakterinės ligos – Laimo liga (boreliozė), tuliaremija, anaplazmozė, erlichiozė, riketsijozė, Q karštinė ir babeziozė.
Mūsų šalyje ypač paplitusios Europinės miško erkės – Ixodes ricinus. Jų randama visuose Lietuvos rajonuose, todėl gyventojams yra didelė rizika užsikrėsti erkių platinamomis ligomis. Ypatingai aktyvios erkės būna ankstyvą pavasarį, vos žemės temperatūra pasiekia +5 – +7°C. Kovo – spalio mėnesiai yra erkių sezoninio aktyvumo pikas. Erkių aktyvumo trukmė ir jos dinamika tiesiogiai priklauso nuo meteorologinių sąlygų. Stebimi du erkių aktyvumo pakilimai – pirmasis sergamumo padidėjimas registruojamas birželio mėn., antrasis, visada žymiai didesnis – rugpjūčio ir rugsėjo mėnesiais.