2012 m. Lietuvoje registruota 31 nepageidaujama reakcija. 2011 m. užregistruota 50 nepageidaujamų reakcijų į skiepus atvejų. Pagal Lietuvos Respublikos Vaikų profilaktinių skiepijimų kalendorių vaikai skiepijami nuo 10 ligų: tuberkuliozės, hepatito B, kokliušo, difterijos, stabligės, Haemophillus influenzae B tipo, poliomielito, tymų, epideminio parotito ir raudonukės.
Dažniausiai registruojamos nepageidaujamos reakcijos į vakcinas yra limfadenitas (įskaitant ir pūlingą limfadenitą), patinimas, paraudimas, karščiavimas, vangumas, nerimas, makulopapulinis bėrimas.
Lietuvos Respublikos Farmacijos įstatymo 2 straipsnio 28 punkte nepageidaujama reakcija apibrėžiama kaip nenorimas neigiamas žmogaus organizmo atsakas į vaistinį preparatą.
PSO nepageidaujamas reakcijas į vakcinas skirsto į sunkias, lengvas ar sunkias, kurios pasireiškia kartu su lengvomis reakcijomis. 2012 m. Lietuvoje registruotos 23 sunkios reakcijos ir 8 lengvos.
Kaip ir kasmet, daugiausiai nepageidaujamų reakcijų buvo stebėta po BCG (tuberkuliozės) vakcinos įskiepijimo. Pagal Lietuvoje galiojantį Vaikų profilaktinių skiepijimų kalendorių BCG vakcina naujagimiams turi būti įskiepijama per pirmąsias 2-3 paras po gimimo.
BCG vakcina turi būti įskiepijama kūdikiui į odą, tačiau medikams, neturintiems pakankamai patirties, sunku tiksliai atlikti BCG injekciją, kaip reikalauja vakcinos charakteristika, todėl kartais dėl neteisingai suleistos BCG vakcinos į poodį, gali atsirasti nepageidaujamų reakcijų.