Naujos parapijos teritorija yra sudaryta iš vienos didžiausių visoje Lietuvoje Vilniaus Pal. Jurgio Matulaičio parapijos dalies, taip pat Vilniaus Šv. Juozapo ir Vilniaus (Kalvarijos) Šv. Kryžiaus Atradimo parapijų teritorijų dalių. Naujai įsteigtos Vilniaus Šv. Jono Pauliaus II parapijos ribos yra:
nuo Ukmergės g. į vakarus Pašilaičių ir Justiniškių seniūnijų riba iki šios ribos susikirtimo su Sudervės upeliu, toliau šiuo upeliu šiaurės kryptimi, kertant Buivydiškių VI tvenkinį, Gineitiškių ir Gilužio ežerus, iki upelio pabaigos ir pratęsiant menamą liniją iki Raisteniškių kaimo ribos, toliau statmena linija iki Ukmergės g., šia gatve į pietryčius iki Pašilaičių ir Justiniškių seniūnijų ribos.
„Pavedu šioje naujoje parapijoje gyvenančius Kristaus tikinčiuosius ir visus žmones, taip pat joje tarnausiančius dvasininkus parapijos Globėjo Šventojo popiežiaus Jono Pauliaus II užtarimui“, – rašoma arkivyskupo dekrete.
Naujoji parapija priklausys Vilniaus II dekanatui.