Valstybės kontrolės ataskaitoje pažymima, kad ministerija kol kas neišsprendė klausimo dėl ministerijos veiklą reglamentuojančiuose teisės aktose nenumatytos funkcijos - apmokėti būtinąsias teismų sprendimų vykdymo išlaidas pagal antstolių prašymus - vykdymo. Be to, ministerija, apmokėdama būtinąsias teismų sprendimų vykdymo išlaidas, neužtikrino, kad jos būtų indeksuojamos teisės aktų nustatyta tvarka.
Ministerija pažymi, kad būtinųjų vykdymo išlaidų apmokėjimo funkcija buvo įtvirtinta ministerijos veiklą reglamentuojančiuose teisės aktuose. Pastebėtina, kad Teisingumo ministerijos nuostatų 8.36. punkte nustatyta, kad ministerija atlieka kitas įstatymų, Vyriausybės nutarimų ir kitų teisės aktų jai pavestas funkcijas. Tai, kad ministerija iš teismų sprendimams vykdyti skirtų asignavimų apmoka būtinąsias vykdymo išlaidas, buvo nustatyta teisingumo ministro 2005 m. spalio 27 d. įsakymu.
Teisingumo ministerija taip pat pabrėžia, kad nuo 2014 m. sausio 15 d. įsigaliojus Sprendimų vykdymo instrukcijos pakeitimams, nuostata, jog išieškojimuose valstybės naudai pagal teismų priimtus sprendimus būtinas vykdymo išlaidas apmoka Teisingumo ministerija, jau yra panaikinta.
Ministerija atkreipia dėmesį, kad visais atvejais apmokėjo vykdymo išlaidas, kurių mokėjimas buvo atidėtas. Todėl taikyti vykdomojo dokumento pateikimo vykdyti metu galiojantį ketvirčio vartotojų kainų indeksą, kaip audito ataskaitoje rekomendavo Valstybės kontrolė, nebuvo teisinio pagrindo. Vykdymo išlaidos buvo indeksuojamos taikant ketvirčio vartotojų kainų indeksą, galiojantį apmokant vykdymo išlaidas.
Valstybės kontrolės ataskaitoje taip pat atkreipiamas dėmesys, kad Teisingumo ministerijai pavaldžios Vilniaus, Kauno, Klaipėdos, Šiaulių ir Panevėžio valstybės garantuojamos teisinės pagalbos tarnybos audituojamu laikotarpiu pirko paslaugas, susijusias su antrinės teisinės pagalbos teikimu ir joms priskirtų funkcijų vykdymu, kurias iš esmės turėjo vykdyti pačios.
Teisingumo ministerija atkreipia dėmesį, kad šią problemą jau anksčiau buvo identifikavusi, todėl inicijavo valstybės garantuojamos teisinės pagalbos tarnybų veiklos optimizavimo, siekiant atsisakyti būtinybės pirkti tam tikras paslaugas, klausimą.
Tokia situacija susidarė, kai dėl sunkios valstybės ekonominės padėties 2009 m. buvo sumažinti asignavimai ir darbuotojų skaičius valstybės garantuojamos teisinės pagalbos tarnybose, tačiau buvo priskirtos naujos funkcijos, didėjo darbų apimtys. Siekiant užtikrinti įstaigoms pavestų funkcijų vykdymą ir įvertinus turimus asignavimus, buvo paskaičiuota, kad kai kurias paslaugas būtų pigiau įsigyti iš trečiųjų asmenų, o papildomi asignavimai naujoms pareigybėms įsteigti nebuvo skirti.
Sprendžiant šią problemą, Teisingumo ministerijos iniciatyva Seimui yra pateikti įstatymų pakeitimai, siūlantys sujungti valstybės garantuojamos teisinės pagalbos tarnybas į vieną instituciją, optimizuojant bendrųjų funkcijų vykdymą, mažinant vadovaujančių darbuotojų skaičių ir taip užtikrinant, kad didesnis dėmesys būtų skiriamas specialiųjų funkcijų vykdymui.
Audito ataskaitoje taip pat užsimenama, jog ministerijai pavaldus Kalėjimų departamentas sudarė probacijos procese naudojamų elektroninių stebėjimo priemonių ir programinės įrangos nuomos paslaugų sutartį, tačiau joje numatė atsiskaitymo pagal fiksuotą kainą būdą, neatsižvelgiant į tai, kokia apimtimi jos faktiškai bus naudojamos.
Teisingumo ministerija pažymi, kad dar 2013 m. pradžioje savo iniciatyva Kalėjimų departamente atliko vidaus auditą ir pareiškė pastabas dėl Valstybės kontrolės ataskaitoje minimos sutarties. Po ministerijos pastabų Kalėjimų departamentas ėmėsi veiksmų, racionaliam ir taupiam valstybės biudžeto lėšų, skirtų nuteistųjų elektroniniam stebėjimui, naudojimui užtikrinti.
Šių metų kovo 24 d. Kalėjimų departamentas sudarė naują paslaugų teikimo sutartį su viešojo pirkimo konkursą laimėjusia įmone, pagal kurią vieno mėnesio paslaugos kaina 50 probuojamųjų stebėti nesiekia 20 tūkst. Lt.