Valstybės kontrolė ministerijai pareiškė neigiamą nuomonę dėl konsoliduotųjų finansinių ataskaitų rinkinio, nes jai pavaldi Nacionalinė žemės tarnyba netinkamai apskaitė laisvos valstybinės žemės tikrąją vertę, neteisingai registravo iš žemės pirkėjų gautas sumas, o Nacionalinės mokėjimo agentūros ataskaitose rasta nematerialiojo turto apskaitos klaidų.
Dėl ministerijos biudžeto vykdymo ataskaitų auditoriai pastabų neturėjo, bet nustatė reikšmingų valstybės lėšų ir turto valdymo teisėtumo pažeidimų.
Audito metu nustatyta, kad ministerija gyvūnų kilmės knygoms rengti Žemės ūkio rūmams skyrė 1,6 mln. litų paramos veislininkystei lėšų, bet prieš tai nenustatė tam reikalingų administracinių išlaidų limitų, neįvertino realaus lėšų poreikio, patvirtino objektyviai nepagrįstus pagalbos veislininkystei skirstymo kriterijus ir jų dydžius, nenustatė pakankamų lėšų naudojimo kontrolės procedūrų.
Valstybės kontrolė konstatavo, kad ministerija taip pat neužtikrino tinkamos lėšų naudojimo kontrolės, skirdama pinigus žirgų genetiniams ištekliams išsaugoti. UAB "Lietuvos žirgynas" skirtas lėšas naudojo neatsižvelgdama į sąmatą, be to, 88,5 tūkst. litų, skirtų vykdyti ūkinių gyvūnų genetinių išteklių išsaugojimo veiklą, panaudojo ne pagal paskirtį, o biologiniam turtui įsigyti ir žemės nuomos mokesčiui sumokėti.
Auditoriai nustatė ir Viešųjų pirkimo įstatymo pažeidimų. Ministerija, pirkdama tarnybinių kelionių organizavimo paslaugas, už skrydžių lėktuvais bilietus mokėjo brangiau, nei nurodyta laimėjusio tiekėjo pasiūlyme ir sutartyje, o sutartyje nenurodytų skrydžių bilietus, neužtikrindama konkurencijos, pirko iš vieno tiekėjo. Pažeisdama Viešųjų pirkimų įstatymą, per 11 mėnesių sutarties vykdymo laikotarpį už paslaugas ministerija sumokėjo per 1,6 mln. litų, tai yra 16,2 tūkst. litų daugiau, nei buvo nurodyta sutartyje.
Konstatuota, kad, vykdydama tarptautinio ristūnų žirgų renginio organizavimo paslaugos pirkimą, ministerija paslaugas įsigijo neracionaliai panaudojusi 139,8 tūkst. litų valstybės biudžeto lėšų - sumokėjo už pirkimo sąlygose nenumatytus prizus, neturėjo tikslių duomenų apie privataus pelno siekiančio tiekėjo renginiui organizuoti surinktas ir panaudotas lėšas, pirkimo dokumentus ir sutartis - taigi negalėjo vykdyti lėšų panaudojimo kontrolės.
Nustatyta, kad viešųjų pirkimų įstatymą pažeidė ir Žemės ūkio ministerijai pavaldi Nacionalinė mokėjimo agentūra, kuri, pirkdama didelės vertės informacinių technologijų paslaugas, formaliai ir netinkamai įvertino tiekėjo pasiūlytos 1,5 mln. litų, arba 30 proc. mažesnės nei pripažinto laimėjusiu tiekėjo, kainos pagrįstumą. Dėl šių pažeidimų teismas agentūrai skyrė 100 tūkst. litų baudą, kuri buvo sumokėta valstybės lėšomis.
Siekiant teisėto ir racionalaus valstybės biudžeto lėšų naudojimo, Valstybės kontrolė Žemės ūkio ministerijai pateikė rekomendacijas su terminais nustatytiems trūkumams šalinti.
