Brg. gen. R. Vaikšnoras kario priesaiką davė 1991 m. kovo 11 d. tarnaudamas Lietuvos kariuomenėje. Jis buvo motodesantinio būrio ir kuopos vadu, dukart vadovavo batalionams (Mokomajam batalionui Rukloje ir Lietuvos didžiojo kunigaikščio Gedimino štabo batalionui Vilniuje), taip pat buvo Mechanizuotosios pėstininkų brigados „Geležinis Vilkas" vadas. Tarnybos Lietuvos kariuomenės štabuose metu generolas ėjo kovinio rengimo, gynybos planavimo ir operacijų valdymo karininko bei viršininko pareigas, tarnavo tarptautinės operacijos Afganistane štabe. Generolas buvo atsakingas už pajėgumų vystymą bei operacijas Sausumos pajėgų, Jungtiniame ir Gynybos štabuose. Iki paskyrimo generolas R. Vaikšnoras laikinai vadovavo Lietuvos kariuomenės Gynybos štabui.
R. Vaikšnoras yra baigęs būrio ir kuopos vadų kursus Danijos karo mokykloje, štabo karininkų kursus Lietuvoje, Vokietijoje ir Švedijoje, Jungtinio vadovavimo ir generalinio štabo kursus Baltijos gynybos koledže Estijoje, baigė strateginių studijų kursą JAV sausumos pajėgų karo koledže (JAV).
Taip pat, kaip praneša Krašto apsaugos ministerija, nuo liepos 29 dienos pareigas pradės eiti ir naujasis Lietuvos kariuomenės Gynybos štabo viršininkas – juo taps iki šiol Mokymo ir doktrinų valdybai vadovavęs brigados generolas Gintautas Zenkevičius. Tarnybą kariuomenėje generolas pradėjo 1991 m. tuometinėje Savanoriškoje krašto apsaugos tarnyboje (SKAT), šioje tarnyboje, vėliau – Krašto apsaugos savanorių pajėgose, ėjo kuopos, bataliono ir rinktinės vado, mokymo centro viršininko pareigas. 2005 m. generolas taip pat vadovavo pirmajai Provincijos atkūrimo grupei PAG-1 Afganistano Goro provincijoje, vėliau buvo Lietuvos kariuomenės transformacijos projekto vadovas, taip pat vadovavo KAM Generalinei inspekcijai, ėjo vadovaujančias pareigas tarptautiniuose štabuose, o 2014-2018 m. generolas tarnavo kaip Lietuvos karinis atstovas prie NATO ir ES.
