Šiandien jame saugoma apie 900 įvairiausių objektų, iš kurių nuolat eksponuojamų galima išvysti apie 150. Tarp šių eksponatų - lėlės iš pirmojo teatro biografijoje spektaklio "Stebuklingasis Aladino žibintas (1958 m.) ir legendinio spektaklio "Eglė žalčių karalienė" (1968 m.). Pasak muziejui šiuo metu vadovaujančios teatro aktorės ir režisierės Elenos Žekienės, lėlių būstinėje įvairiomis edukacinėmis programoms siekiama, kad vaikai ne tik pramogautų, bet ir šį tą sužinotų, atrastų: "Norime tikslingai panaudoti tuos turtus, kuriuos sukaupėme per daugybę metų". Naujausias Lėlių muziejaus projektas - "Peliuko pasakų dirbtuvėlė", kuris vaikus supažindina su lėlių teatro virtuve.