Atlikus auditą paaiškėjo, kad dabartiniame Kultūros vertybių registre esančių kultūros paveldo objektų statusas ir nustatyti apsaugos tikslai ne visada atitinka objektų tikrąją kultūrinę vertę, nes iš senojo registro jie buvo perkelti neatlikus vertinimo. Be to, moksliniai tyrimai atlikti ir vertingosios savybės nustatytos mažai daliai nekilnojamųjų objektų, todėl jų apskaita yra netiksli bei neinformatyvi ir ne visada aišku, kurias vertybes reikėtų siekti išsaugoti prioriteto tvarka. Kyla grėsmė, kad nebus išsaugoti vertingiausi dvarų paveldo objektai. Dėl šių apskaitos trūkumų teisinė apsauga taikoma daliai paveldosauginiu požiūriu abejotinos vertės, sunykusių kultūros paveldo objektų, todėl vykdoma jų stebėsena, naudojami materialiniai ir žmogiškieji ištekliai, kuriuos galima būtų skirti vertingų objektų apžiūrai.
Tinkamą paveldo objektų saugojimą apsunkina ir tai, kad ne visi su jais susiję juridiniai faktai yra užregistruoti Nekilnojamojo turto registre, todėl jų valdytojai gali nežinoti, kad objektai yra saugomi ir vykdyti statybos ar rekonstrukcijos darbus be Kultūros paveldo apsaugos departamento leidimo.
Taip pat nustatyta, kad dvarų nekilnojamasis kultūros paveldas finansuojamas neturint aiškių prioritetų, lėšos dažniausiai skiriamos dvarų avaringai būklei pašalinti ir būtiniems tvarkybos darbams. Tačiau vėliau, neskiriant finansavimo, netvarkomi dvarai nyksta.
Auditoriai atkreipia dėmesį ir į tai, kad dvarų valdytojai nepakankamai skatinami tvarkyti kultūros vertybes. Trūksta bendros informacijos apie galimybes gauti finansavimą tvarkybai iš kitų valstybinių institucijų ir kitą pagalbą. Dvarų valdytojai taip pat pasigenda metodinių rekomendacijų dėl dvarų pritaikymo įvairiai paskirčiai, gerosios praktikos pavyzdžių.
Pažymėtina, kad apie 74 proc. dvarų nekilnojamojo kultūros paveldo objektų yra nevientisos teritorijos ir turi kelis valdytojus, todėl dėl jų skirtingų interesų ir finansinės padėties sunku priimti bendrus sprendimus dėl tvarkybos darbų. Be to, 82 proc. šių objektų nėra parengti apsaugos reglamentai, įvardijantys, ką ir kaip reikėtų išsaugoti, nereglamentuotas nekilnojamojo kultūros paveldo objektų būklės kaitos vertinimas, todėl negalima laiku nustatyti pažeidimų ir imtis prevencinių priemonių.
Siekiant užtikrinti dvarų nekilnojamojo kultūros paveldo objektų tinkamą apskaitą, apsaugą, priežiūrą, naudojimą ir išvengti vertingiausių iš jų galimų praradimo atvejų, Valstybės kontrolė pateikė rekomendacijas Kultūros ministerijai ir Kultūros paveldo apsaugos departamentui.