„Aplinkos ministerijoje ir jai pavaldžiose įstaigose reikėtų stiprinti kontrolės procedūras siekiant užtikrinti tinkamą lėšų planavimą ir naudojimą, imtis priemonių, kad būtų išvengta sisteminių apskaitos trūkumų, ne pagal paskirtį panaudotų lėšų atvejų, – komentuodama audito išvadas sakė valstybės kontrolierė Giedrė Švedienė. – Ministerija turėtų kritiškai įvertinti šiuos faktus, pasimokyti iš savo klaidų ir jų nekartoti“.
Audito metu nustatyta, jog ministerija ir jai pavaldžios įstaigos dalį biudžeto asignavimų suplanavo, naudojo ir apskaitė pagal netinkamus ekonominės klasifikacijos straipsnius, todėl apie 60 proc. patirtų išlaidų neparodė tikros jų ekonominės paskirties. Taip pat buvo padaryta klaidų tvarkant ilgalaikio ir trumpalaikio turto, įsipareigojimų, pajamų ir sąnaudų apskaitą. Dauguma auditorių nurodytų klaidų jau buvo ištaisytos audito metu ir imtasi priemonių Valstybės kontrolės pateiktoms rekomendacijoms įgyvendinti.
Šio, kaip ir 2010 metų finansinio audito metu, nustatyta, jog dalis (254,9 tūkst. Lt) Aplinkos apsaugos rėmimo programos lėšų, skirtų aplinkai padarytai žalai mažinti, buvo panaudotos kitiems tikslams: priešgaisrinės įrangos įsigijimui dotuoti, daugiabučių namų modernizavimo ir parodos „EXPO 2012“ viešinimo paslaugoms apmokėti ir kt. Svarbu pažymėti, jog 2011 m. buvo atliktas atskiras šios programos vykdymo auditas, kurio metu Valstybės kontrolė taip pat nustatė, jog dalis aplinkosaugai skirtų lėšų buvo naudojamos priemonėms, tiesiogiai nesusijusiomis su žalos gamtai mažinimu. Nurodydama priežastis, kodėl programos lėšos buvo naudojamos kitiems tikslams, Aplinkos ministerija teigė, jog taip atsitiko dėl nepakankamo kitų programų finansavimo.
Auditoriai taip pat nustatė, jog Aplinkos ministerija neužtikrino, kad 2003–2010 metais gautos ir aplinkos investiciniams projektams nepanaudotos Lietuvos aplinkos apsaugos investicijų fondo, 2011 m. sausio 1 d. iš viešosios įstaigos pertvarkyto į biudžetinę, lėšos būtų grąžintos į biudžetą ir naudojamos laikantis nustatytos jų išdavimo tvarkos. Ministerijos vidaus audito tarnyba turės nustatyti, kokia dalis lėšų yra gauta iš valstybės biudžeto ir remiantis audito rezultatais bus priimti sprendimai dėl lėšų grąžinimo į valstybės biudžetą.
Kai kuriose ministerijai pavaldžiose įstaigose (Aplinkos apsaugos agentūroje ir Valstybinei saugomų teritorijų tarnybai pavaldžioje įstaigoje Dzūkijos nacionalinio parko ir Čepkelių valstybinio gamtinio rezervato direkcijoje) taip pat rasta viešųjų pirkimų procedūrų pažeidimų: tiekėjo pasiūlytos darbų apimtys neatitiko pirkimo dokumentuose numatyto poreikio, buvo perkamos sutartyse nenumatytos prekės. Pažymėtina, jog kaikuriuos ministerijos ir pavaldžių įstaigų pirkimus jau buvo įvertinusi Viešųjų pirkimų tarnyba ir dėl nustatytų pažeidimų pateikusi pastabas ir rekomendacijas.
