Limituota žvejyba organizuojama apie 20 vandens telkinių. Tai Pagojės tvenkinys (Anykščių r.), Vykežerėlio, Vykežerio, Sniūčio, Vasakno, Zalvo ežerai ir Šventosios tv. (Zarasų r.), Gudelių ež. (Šiaulių r.), Malkėsto ir Ilgio ež. (Molėtų r.), Vabalių ež. (Alytaus r.), Kunigiškių ir Meduvio ež. (Trakų r.), Vijūnėlės tv. ir Ilgio ež. (Druskininkų sav.), Barstyčių tv. (Skuodo r.), Gulioniškės ir Jūrės tv. (Kazlų Rūdos sav.), Varniškių ež. (Vilniaus r.), Kašonių ež. (Prienų r.), Viešvėnų tv. (Telšių r.), Svirnelių ir Laumenos ež. (Švenčionių r.), Pocaičių tv. (Jurbarko r.), Merkio upės atkarpa Šalčininkų rajone ir kt. Prie tokių vandens telkinių yra informaciniai stendai, skelbiantys apie limituotą žvejybą juose.

Nemokamai žvejoti, kaip numato Mėgėjų žvejybos vidaus vandenyse taisyklės, galima dukart per metus – Valstybės dieną, liepos šeštąją, ir rugpjūčio penkioliktąją – per Žolinę. Tačiau net ir tomis dienomis draudžiama žvejoti valstybinių gamtinių rezervatų vandens telkiniuose, Kniaupo įlankoje, Nemune 500 m žemiau Kauno HE užtvankos ir kituose telkiniuose, kuriuose žvejyba draudžiama visus metus.

Aplinkos ministerija primena, kad lašišas ir šlakius galima žvejoti tik įsigijus meškeriotojo kortelę šių žuvų žvejybai. Privalu laikytis ir kitų reikalavimų – sugauti tik leidžiamo dydžio žuvis ir ne daugiau jų, nei leidžiama, naudojant ne daugiau, nei nustatyta, žvejybos įrankių ir kabliukų. Povandeninė žūklė (medžioklė) leidžiama Mėgėjų žvejybos vidaus vandenyse taisyklių nurodytuose 7 vandens telkiniuose ir Baltijos jūros priekrantėje. Išnuomotuose telkiniuose ji galima tik suderinus su jų žvejybos ploto naudotojais (nuomininkais).

Be to, žvejai mėgėjai neturėtų pamiršti, kad šiuo metu draudžiama žvejoti Nemune ties Dubysos, Jūros ir Nevėžio upių žiotimis ir 100 m žemiau jų (palei dešinįjį Nemuno krantą) bei nuo Kauno žiemos uosto iki Neries žiočių.