„Nikczemny rząd najezdniczy rozwścieklony oporem męczonej przezeń ofiary postanowił zadać jej cios stanowczy – porwać kilkadziesiąt tysięcy najdzielniejszych, najgorliwszych jej obrońców, oblec w nienawistny mundur moskiewski i pognać tysiące mil na wieczną nędzę i zatracenie. Młodzież polska poprzysięgła sobie »zrzucić przeklęte jarzmo lub zginąć«. Za nią więc narodzie polski, za nią! Po straszliwej hańbie niewoli, po niepojętych męczarniach ucisku, Centralny Narodowy Komitet, obecnie jedyny legalny Rząd twój Narodowy, wzywa cię na pole walki już ostatniej, na pole chwały zwycięstwa, które Ci da i przez imię Boga na niebie dać poprzysięga” – napisano w Manifeście.
19 stycznia Komitet uchwalił powierzenie dyktatury i naczelnego dowództwa powstania gen. Ludwikowi Mierosławskiemu.
Powstanie objęło tereny zaboru rosyjskiego i miało charakter wojny partyzanckiej. Powstańcy, mimo niewystarczającego uzbrojenia i braków kadrowych, atakowali rosyjskie placówki praktycznie na terenie całego Królestwa Polskiego. Władze zrywu wzywały do udziału w nim również „braci Litwinów i Rusinów”, co spowodowało rozszerzenie obszaru walk na Wschód.
Na wieść o wybuchu powstania w Królestwie Polskim, na Litwie powstał Komitet Obywatelski działający, jako wydział Rządu Narodowego. Walki rozpoczęły oddziały powstańcze dowodzone przez Ludwika Narbutta i Zygmunta Sierakowskiego. Carski rząd wybuch powstania wykorzystał, jako okazję do wykorzenienia polskości na Wileńszczyźnie. Nasilenie represji nastąpiło z chwilą przybycia do Wilna gubernatora Michała Murawiewa, który otrzymał władzę dyktatorską. Sterroryzował on Litwę w sposób okrutny, masowo więził podejrzanych o sprzyjanie Powstaniu, tych, których uznawał za nie dość lojalnych, kierował na zsyłkę. Konfiskował majątki właścicieli, którzy sprzyjali Powstaniu, niekiedy palił całe zaścianki szlacheckie. Więźniów torturowano, a powstańczych przywódców skrycie mordowano przez powieszenie. W pamięci współczesnych i późniejszych pokoleń Polaków zapisał się, jako „wieszatiel”. Straceni zostali m.in. Bolesław Kołyszko – wódz powstania na Żmudzi, ks. Stanisław Iszora – za odczytanie z ambony manifestu Rządu Narodowego i Wincenty Konstanty Kalinowski – komisarz powstańczego Rządu Narodowego na Litwę i Białoruś. Ciała pomordowanych posypywano wapnem i zakopywano potajemnie na Górze Zamkowej.
Według oceny historyków, podczas powstania styczniowego doszło do ponad tysiąca starć, a w siłach polskich uczestniczyło w sumie ok. 200 tys. osób. Pomimo pewnych sukcesów oddziałów powstańczych, w związku z przewagą armii rosyjskiej, siły zaborcze zaczęły uzyskiwać przewagę. Pod koniec 1863 roku łączny stan wojsk rosyjskich wynosił ponad 400 tysięcy żołnierzy, 170 tysięcy w Królestwie Polskim, na Litwie 145 tysięcy, a na Ukrainie – 90 tysięcy. Rząd Narodowy miał w polu jednocześnie nie więcej niż 10 tysięcy partyzantów.
Władze zrywu zabiegały o pozyskanie do walk chłopów, lecz przeszkodził w tym carski ukaz uwłaszczeniowy z marca 1864 r., przyznający im na własność uprawianą ziemię. Powstanie zaczęło już wtedy powoli upadać, ostatnie walki toczyły się miejscami jeszcze do jesieni 1864 r.
Ludwik Mierosławski wobec przegranej w prowadzonych walkach po miesiącu utracił funkcję. Później dyktatorami powstania byli Marian Langiewicz i Romuald Traugutt. W nocy z 10 na 11 kwietnia 1864 roku na skutek denuncjacji rosyjska policja aresztowała Traugutta w jego warszawskiej kwaterze. 19 lipca 1864 roku rosyjski sąd wojskowy skazał go na śmierć przez powieszenie. Wyrok wykonano na stokach Cytadeli Warszawskiej 5 sierpnia 1864 roku. Razem z Trauguttem stracono innych uczestników powstania: Rafała Krajewskiego, Józefa Toczyskiego, Romana Żulińskiego i Jana Jeziorańskiego.
Po zakończeniu powstania Polaków dotknęły liczne represje, m.in. konfiskata majątków szlacheckich, kasacja klasztorów, wysokie kontrybucje, a przede wszystkim aktywna rusyfikacja. Za udział w powstaniu władze carskie skazały na śmierć co najmniej 669 osób. Na zesłanie skazano przynajmniej 38 tysięcy osób.
W 2017 r. podczas badań archeologicznych na Górze Giedymina w Wilnie (Góra Zamkowa) znaleziono szczątki przywódców powstania styczniowego na Litwie – Zygmunta Sierakowskiego oraz Konstantego Kalinowskiego oraz 18 innych powstańców, straconych na placu Łukiskim w latach 1863-1864. Ich ciała były pogrzebane bez trumien, ze związanymi rękoma. Archeologom nie udało się odnaleźć szczątków powstańca księdza Stanisława Iszory – pierwszej ofiary egzekucji. Szczątki powstańców zostały ekshumowane i w listopadzie 2019 r. dokonano ich uroczystego pochówku. Trumny ze szczątkami 20 powstańców spoczęły w kryptach w centralnej kaplicy Cmentarza na Rossie. W uroczystościach pogrzebowych wzięli udział prezydenci Polski i Litwy – Andrzej Duda i Gitanas Nausėda.
Na podst. IPN, PAP, inf. wł.