Rafał Kalinowski (właściwe imię Józef Kalinowski) urodził się 1 września 1835 roku w szlacheckiej wileńskiej rodzinie. W Wilnie ukończył szkołę średnią.
Zanim wybrał życie zakonne, a miał wtedy 42 lata, wiele przeżył i doświadczył. Był inżynierem, oficerem wojska carskiego, powstańcem styczniowym, zesłańcem, nauczycielem, wychowawcą.
Za udział w Powstaniu Styczniowym był skazany na karę śmierci. Ale wskutek interwencji krewnych i przyjaciół, a także z obawy, że po śmierci Polacy mogą uważać Józefa Kalinowskiego za męczennika i świętego, władze carskie zamieniły mu wyrok na dziesięcioletnią katorgę na Syberii.
W 1877 roku, w wieku 42 lat, Józef Kalinowski wstąpił do nowicjatu karmelitów w Grazu (Austria), przybierając zakonne imię Rafał od św. Józefa. Po studiach filozoficznych i teologicznych na Węgrzech złożył śluby zakonne i otrzymał święcenia kapłańskie 15 stycznia 1882 roku w Czernej koło Krakowa. W kilka miesięcy później został przeorem klasztoru w Czernej. Przyczynił się w znacznej mierze do odnowy Karmelu w Galicji. W 1884 roku został założony z jego inicjatywy klasztor karmelitanek bosych w Przemyślu, 4 lata później we Lwowie, a na przełomie 1891 i 1892 roku – klasztor ojców wraz z niższym seminarium w Wadowicach.
Wiele godzin spędzał w konfesjonale – nazywano go „ofiarą konfesjonału”. Miał niezwykły dar jednania grzeszników z Bogiem i przywracania spokoju sumienia ludziom dręczonym przez lęk i niepewność. Przeżyty w młodości kryzys wiary (gdy przez ponad 10 lat żył bez sakramentów) ułatwiał mu zrozumienie błądzących i zbuntowanych przeciwko Bogu. Nikogo nie potępiał, ale starał się pomagać. Zawsze skupiony, zjednoczony z Bogiem, był człowiekiem modlitwy, posłuszny regułom zakonnym, gotowym do wyrzeczeń, postów i umartwień.
Zmarł 15 listopada 1907 r. w Wadowicach, w opinii świętości. Jego relikwie spoczywają w kościele karmelitów w Czernej.
Beatyfikował go św. Jan Paweł II w 1983 roku, kanonizacji dokonał w roku 1991.
Wspomnienie św. Rafała Kalinowskiego przypada 20 listopada. Jest patronem sybiraków, oficerów i żołnierzy, inżynierów, orędownikiem w sprawach trudnych.
W rejonie wileńskim, w Niemieżu jest kościół św. Rafała Kalinowskiego, a miejscowe gimnazjum nosi imię tego świętego.
