Rafał Kalinowski, właśc. Józef Kalinowski urodził się 1 września 1835 roku w szlacheckiej wileńskiej rodzinie. W Wilnie ukończył szkołę średnią.
Studiował w wojskowej Mikołajewskiej Szkole Inżynieryjnej w Petersburgu, zdobywając tytuł inżyniera i stopień porucznika. Pracował najpierw jako wykładowca akademicki, a następnie przy budowie kolei na linii Odessa-Kursk i jako wojskowy w Brześciu Litewskim, gdzie pracował jako kapitan sztabu przy rozbudowie twierdzy.
Gdy wybuchło powstanie styczniowe, zrezygnował z pracy w rosyjskim wojsku w obawie przed otrzymaniem rozkazu walki przeciwko rodakom. Mimo iż był przeciwny wszczynaniu powstania styczniowego, włączył się w nie i objął stanowisko ministra wojny w litewskich władzach powstańczych. Pod koniec 1863 roku przekonał się o beznadziejności sprawy i zaniechał działań.
W marcu 1864 roku został aresztowany i skazany na karę śmierci. Wskutek interwencji krewnych i przyjaciół, a także z obawy, że po śmierci Polacy mogą uważać Józefa Kalinowskiego za męczennika i świętego, władze carskie zamieniły mu wyrok na dziesięcioletnią katorgę na Syberii. Trafił do Usoli, gdzie pracował w warzelni soli. Po ogłoszeniu częściowej amnestii przeniósł się do Irkucka i podjął się pracy nauczyciela domowego. Na zesłaniu przekonał się o swoim powołaniu zakonnym. Na zesłaniu sybiracy rzekomo stosowali inwokację litanijną zawierającą słowa „Przez modlitwy Kalinowskiego wysłuchaj nas Panie!”. Gdy władze carskie usunęły z Usoli duchownych, w sprawach duchowych zesłańcy zwracali się do Kalinowskiego.
W 1874 roku został zwolniony z wygnania. Powróciwszy do Polski, Kalinowski był wychowawcą księcia Augusta Czartoryskiego, późniejszego salezjanina i błogosławionego.
W 1877 r., mając już 42 lata, Józef Kalinowski wstąpił do nowicjatu karmelitów w Grazu (Austria), przybierając zakonne imię Rafał od św. Józefa. Po studiach filozoficznych i teologicznych na Węgrzech, złożył śluby zakonne i otrzymał święcenia kapłańskie 15 stycznia 1882 r. w Czernej koło Krakowa. W kilka miesięcy później został przeorem klasztoru w Czernej. Urząd ten pełnił przez 9 lat. Przyczynił się w znacznej mierze do odnowy Karmelu w Galicji. W 1884 r. został założony z jego inicjatywy klasztor karmelitanek bosych w Przemyślu, 4 lata później we Lwowie, a na przełomie 1891 i 1892 roku – klasztor ojców wraz z niższym seminarium w Wadowicach.
Wiele godzin spędzał w konfesjonale – nazywano go „ofiarą konfesjonału”. Miał niezwykły dar jednania grzeszników z Bogiem i przywracania spokoju sumienia ludziom dręczonym przez lęk i niepewność. Przeżyty w młodości kryzys wiary (gdy przez ponad 10 lat żył bez sakramentów) ułatwiał mu zrozumienie błądzących i zbuntowanych przeciwko Bogu. Nikogo nie potępiał, ale starał się pomagać. Zawsze skupiony, zjednoczony z Bogiem, był człowiekiem modlitwy, posłuszny regułom zakonnym, gotowym do wyrzeczeń, postów i umartwień.
Zmarł 15 listopada 1907 r. w Wadowicach, w opinii świętości. Jego relikwie spoczywają w kościele karmelitów w Czernej. Za życia i po śmierci cieszył się wielką sławą świętości. Bez reszty oddany Bogu, umiał miłować Go w drugim człowieku. Potrafił zachować szacunek dla człowieka i jego godności nawet tam, gdzie panowała pogarda. Dlatego uważany jest za patrona sybiraków.
Beatyfikował go św. Jan Paweł II w 1983 r. podczas Mszy Świętej na krakowskich Błoniach; kanonizacji dokonał w Rzymie w roku 1991.
Rafał Kalinowski jest pierwszym karmelitą kanonizowanym po św. Janie od Krzyża. Szerzył duchowość karmelitańską. Owocem jego pracy było odnowienie zakonu karmelitańskiego w Polsce.
Św. Rafał Kalinowski jest patronem sybiraków, oficerów i żołnierzy, inżynierów, orędownikiem w sprawach trudnych.
W podwileńskim Niemieżu jest kościół św. Rafała Kalinowskiego, a miejscowe gimnazjum nosi imię tego świętego.
