W swym przemówieniu Naczelnik Państwa stwierdził m.in.: "Gdy grzmią pioruny, przede wszystkim tu w wieżyce i domy uderzają. Nieszczęśliwe nasze ziemie kresowe! A jednak głębokie jest w tym szczęście, płynące z wiary w idealne pierwiastki własnej kultury. Dlatego też, gdy danym było i nam stanąć w chwale zwycięstwa, gdy burza nad tymi murami już się przeniosła – spieszyłem, by dźwignąć dla tej wiary świątynię, by dać znak widomy tej potęgi i siły".
Uczelnia powstała w roku 1579, kiedy król Stefan Batory przeznaczył środki na przekształcenie Kolegium Jezuitów w Wilnie w Akademię i Uniwersytet Wileński Towarzystwa Jezusowego.
Po stłumieniu powstania listopadowego w 1832 roku car Mikołaj I nakazał całkowitą likwidację uczelni - jako karę za udział wielu uczonych i studentów w powstaniu.
Uczelnia została ponownie odtworzona dopiero w 1919 roku.
Po 17 września 1939 roku Wilno zostało zajęte przez wojska rosyjskie, a 28 października miasto wraz z uczelnią przejęły władze Republiki Litewskiej. Wprowadzono po raz pierwszy jako oficjalny język wykładowy język litewski, choć z braku własnych kadr pozostawiono na stanowiskach wielu polskich profesorów, którzy prowadzili zajęcia nadal po polsku.
15 grudnia 1939 roku polska uczelnia została zamknięta przez litewskie władze; z uniwersytetu w Kownie przeniesiono Wydział Prawa i Wydział Nauk Humanistycznych, zaś rektorem UW został prof. Mykolas Biržiška. Wydziały Uniwersytetu Stefana Batorego – Prawa i Nauk Społecznych, Medycyny, Humanistyczny i Matematyczno-Przyrodniczy działały w podziemiu. W roku 1943 Uniwersytet Wileński zamknięty przez władze niemieckie, część profesorów aresztowano i zesłano do obozu w Stutthof.
Jesienią 1944 roku wznowiono działalność. Uczelnia stała się prowincjonalnym uniwersytetem ZSRR, ale nadal z głównym językiem wykładowym litewskim (a niektóre przedmioty w jęz. rosyjskim).
Od odzyskania przez Litwę niepodległości w 1990 roku uniwersytet nosi nazwę Vilniaus Universitetas, a oficjalnym językiem wykładowym jest język litewski.
Uniwersytet Wileński jest największą uczelnią Litwy.
Uniwersytet Mikołaja Kopernika w Toruniu kontynuuje tradycję Uniwersytetu Stefana Batorego. Do Torunia trafiła też część pamiątek po Uniwersytecie Stefana Batorego.
