Podczas II wojny światowej na obszarze Wileńskiej Starówki utworzone zostało getto, podzielone na dwie części ulicą Niemiecką – na Małe i Duże Getto. Wkrótce nastąpiła też likwidacja Małego Getta, zaś Duże Getto, na terenie którego przebywało ponad 30 tys. wileńskich Żydów, zostało zlikwidowane po dwóch latach działalności – 23 września 1943 roku.
Część Żydów rozstrzelano w Ponarach, część trafiła do niemieckich nazistowskich obozów koncentracyjnych, gdzie również większość zginęła.
Holokaust na Litwie doprowadził do niemal całkowitej zagłady Żydów polskich i litewskich. Spośród ok. 210 000 Żydów zamieszkujących ten obszar do końca wojny przetrwało ok. 15 000.
Eksterminacja Żydów była zorganizowana przez okupanta niemieckiego, jednak w znaczącym stopniu była popierana lub biernie tolerowana przez kolaborantów litewskich. Największą niesławą cieszy się formacja Ypatingasis būrys, odpowiedzialna za zbrodnię w Ponarach.
