Papież Jan Paweł II zmarł 2 kwietnia 2005 roku, w wigilię ustanowionej przez siebie w całym Kościele Niedzieli Miłosierdzia. Śmierć nastąpiła o godz. 21.37 czasu lokalnego. Przy łożu Jana Pawła II, umierającego w papieskich apartamentach, byli jego najbliżsi współpracownicy m.in.: abp Stanisław Dziwisz osobisty sekretarz papieża, ks. prof. Tadeusz Styczeń, jego uczeń z KUL, ks. prałat Mieczysław Mokrzycki i opiekujące się Janem Pawłem II na co dzień siostry sercanki. Obecna była także dr Wanda Półtawska, którą z ks. Wojtyłą łączyła wieloletnia współpraca i przyjaźń.
Śmierć papieża Jana Pawła II wywołała spontaniczną reakcję wiernych w Polsce, którzy pomimo już poźnych godzin zaczęli gromadzić się w kościołach na czuwaniu.
Na dwa dni przed śmiercią Jan Paweł II zawierzył Kościół i świat Bożemu Miłosierdziu.W specjalnym telegramie z 31 marca 2005 roku na uroczystość Bożego Miłosierdzia w Łagiewnikach, papież napisał m.in. „Pragnę ponownie zawierzyć tej Miłości Kościół i świat, wszystkich ludzi na całym okręgu ziemi, a także siebie samego w mojej słabości”. Telegram został odczytany w sanktuarium nazajutrz po śmierci papieża, w niedzielę, 3 kwietnia.
Pontyfikat Jana Pawła II trwał 26 lat i 5 miesięcy i był trzecim co do długości w historii papiestwa – po św. Piotrze i Piusie IX.
Powszechnie zwracano uwagę, że pomimo ciężkiej choroby chciał wypełnić swa misję do końca. W przeciwieństwie do dotychczasowych obyczajów watykańskich nie czynił ze swojej choroby tajemnicy. Z niezwykłym spokojem przyjmował nadchodzący kres życia, zachęcając otoczenie, aby pozostawało radosne, bo on sam zachowuje radość. „Szukałem was, a teraz wy przyszliście do mnie i za to wam dziękuję” – wyszeptał na łożu śmierci Jan Paweł II, gdy dowiedział się, że na plac św. Piotra przybyły rzesze młodych ludzi, aby modlić się w jego intencji.
Pogrzeb Jana Pawła II odbył się 8 kwietnia 2005 roku w Watykanie. Sześć lat później został ogłoszony błogosławionym, a świętym Kościoła katolickiego został w 2014 roku.
Papież Polak odwiedził 129 krajów, w tym Litwę w 1993 roku (4-8 września). Krajem, który papież odwiedzał najczęściej, była Polska (dziewięć pielgrzymek).
Św. Jan Paweł II jest patronem, m.in. rodzin, Światowych Dni Młodzieży i Ruchu Apostolstwa Młodzieży, których był inicjatorem, polsko-ukraińskiego pojednania.
