W 981, po śmierci swego mentora, wrócił do Czech jako subdiakon, a po śmierci praskiego biskupa Dytmara (Dětmar, Thietmar) od 3 kwietnia 983 stał na czele diecezji praskiej mimo nieosiągnięcia wieku episkopalnego (30 lat). Wobec wywołanych swą bezkompromisowością konfliktów z wiernymi ok. 989 wyjechał do Rzymu i zrzekł się urzędu biskupa Pragi. Początkowo chciał udać się na pielgrzymkę do Jerozolimy, jednak po krótkim pobycie w klasztorze na Monte Cassino za namową greckiego pustelnika Nila wstąpił do klasztoru benedyktyńskiego św. Bonifacego i Aleksego na rzymskim Awentynie. W 992, po śmierci zarządzającego diecezją praską biskupa miśnieńskiego Folkolda (Volkold von Meißen), ponownie skierowany do Pragi przez arcybiskupa Moguncji Willigisa. Rozpoczął także działania misyjne na podbitej przez Węgry Słowacji, co doprowadziło do konfliktów z wciąż pogańskim dworem Arpadów. Według pewnych źródeł to właśnie św. Wojciech udzielił chrztu św. Stefanowi, królowi Węgier.
Głośny był jego spór w obronie chrześcijańskich niewolników wysyłanych do krajów muzułmańskich i ich wykupywanie (Słowiańszczyzna była wówczas ważnym źródłem niewolników). W 994, gdy na jego oczach ludzie jednego z wielmożów z rodu Wrszowców zamordowali wywleczoną z kościoła św. Jerzego niewierną żonę swego pana, która ukryta tam przez świętego szukała azylu w świątyni – rzucił klątwę na poddanych i wyjechał do Rzymu. Wkrótce doszło do otwartego konfliktu jego rodu Sławnikowiców z rządzącym księciem Bolesławem II z Przemyślidów – co skończyło się rzezią większości braci.
Decyzją synodu spowodowaną naciskami jego przełożonego, arcybiskupa Moguncji, pod rygorem klątwy miał powrócić do swej diecezji, jednak dzięki łasce papieża Grzegorza V, spokrewnionego z Ottonem III (z którym Wojciech zdążył się zaprzyjaźnić) mógł wybrać między pracą misyjną a powrotem, jeśli Czesi nie wyrażą chęci przyjęcia go. W międzyczasie pielgrzymował do sanktuariów św. Marcina z Tours, św. Benedykta w opactwie Fleury oraz św. Dionizego w Saint-Denis. Potem nie chcąc wracać do swej diecezji znalazł się na dworze Ottona III, skąd wyruszył do kraju cesarskiego sojusznika Bolesława I Chrobrego, u którego przebywał ocalały z rzezi jego najstarszy brat Sobiesław. W Polsce celem miało być chrystianizowanie Prusów lub Wieletów, których język Wojciech znał. Jednak temu przeszkadzała wojna cesarstwa z Połabianami.
Potem poprzez Gdańsk, gdzie przeprowadził masowy chrzest i rozkazał wycięcie świętego dębu, łodzią, osłaniani przez 30 wojów Chrobrego, Wojciech razem z przyrodnim bratem Radzimem oraz prezbitrem Boguszą-Benedyktem dotarli do ziemi Prusów, najprawdopodobniej w okolicach Truso koło dzisiejszego Elbląga (dawniejsza historiografia wskazywała na Tenkitten w Sambii).
Ich działalność misyjna nie spotkała się z przychylnym przyjęciem. Misjonarze nie znali nawet języka Prusów. W czasie pobytu na jednej z wysp nadbrzeżnych doszło do spotkania z pruskimi rybakami, którzy próbowali się z nimi porozumieć. Gdy obcy nie potrafili powiedzieć nic zrozumiałego jeden z Prusów uderzył Wojciecha wiosłem w plecy. Wkrótce z pomocą jednego z pruskich możnych dostali się na teren osady. Jako goście podlegali ochronie swego gospodarza i dzięki jego pozycji 17 kwietnia stanęli przed pruskim wiecem, na którym Wojciech z pomocą tłumacza przemawiał, objaśniając zasady chrześcijaństwa.
Jednak po 5 dniach w okolicy pruskiego grodu granicznego Chollin (na południowych brzegach jeziora Drużno, obecnie wieś Święty Gaj) – 23 kwietnia 997 odpoczywających po mszy odprawionej w świętym gaju (pole romowe) zaskoczyło 7 strażników prowadzonych przez kapłana, niejakiego Sicco. Wojciech – jako przywódca – uderzony toporem lub włócznią w serce został zabity przez kapłana, który – według żywotów – miał wcześniej stracić w walkach z Polakami brata. Ciału odcięto głowę i nabito na pal wyrazem hańby. Jego towarzyszy oszczędzono i odesłano do Polski.
Głowę z pala zdjął potajemnie i przewiózł do Gniezna nieznany Pomorzanin. Wkrótce potem Chrobry wykupił resztę ciała Wojciecha na wagę srebra i rozkazał pochować w Gnieźnie. Do jego grobu w 1000 roku pielgrzymował Otton III (patrz: zjazd gnieźnieński). W czasie jego wizyty w Gnieźnie założono metropolię arcybiskupią, której Wojciech został patronem, a jego brat bł. bp Radzim Gaudenty OSB stanął na czele.
Według tradycji św. Wojciech miał być autorem pieśni Bogurodzica, co mimo iż nie znajduje potwierdzenia w materiałach źródłowych, w opinii Józefa Birkenmajera opublikowanej w monografii o utworze (1937) może być związane z prawdopodobną inspiracją dla utworu pochodzącą z kręgu misjonarzy, współbraci św. Wojciecha z zakonu benedyktynów, przybyłymi z nim do Polski.
Św. Wojciech jest jednym z trzech głównych katolickich patronów Polski, patronem diecezji koszalińsko-kołobrzeskiej, diecezji elbląskiej i archidiecezji gnieźnieńskiej – w szczególności Gniezna.
Przez katolików jest uznawany również za patrona Czech, Prus, czasem także Węgier.
Święty patronuje również wielu kościołom i parafiom.
Wspomnienie liturgiczne w Kościele katolickim i ewangelickim obchodzone jest 23 kwietnia.
W polskim Kościele wspomnienie ma rangę uroczystości liturgicznej, a dodatkowa uroczystość "Translatio sancti Adalberti", translacja relikwii, obchodzona jest 20 października. W tym dniu odczytywane jest życie i cuda Świętego w kościołach polskich.
W ikonografii chrześcijańskiej święty przedstawiany jest w stroju biskupa, w paliuszu, z pastorałem.
Jego atrybuty to księga, czasem przypominająca śmierć odcięta głowa niesiona w ręce. Jego atrybuty to także orzeł, wiosło oraz włócznie, od których zginął.
Relikwie św. Wojciecha oraz jego brata Radzima złożone w katedrze gnieźnieńskiej zostały wywiezione do Czech przez księcia Brzetysława I, który w 1038 najechał na Polskę. Do dziś znajdują się w katedrze św. Wita w Pradze.
Cesarz Otton III wyruszył w 1000 roku z pielgrzymką do grobu św. Wojciecha najprawdopodobniej w celu uzyskania ciała św. Wojciecha i przewiezienia go do Akwizgranu. Jednak od Bolesława Chrobrego uzyskał jedynie relikwiarz z ramieniem Wojciecha, które potem częściowo złożono w Akwizgranie, a część w Rzymie w kościele ufundowanym pod jego wezwaniem na wyspie na Tybrze. W 1928, rzymskie relikwie przekazano Polsce na prośbę ówczesnego prymasa Polski, kardynała Augusta Hlonda (przechowywane w skarbcu gnieźnieńskim).
W 1923 skradziono z gnieźnieńskiej katedry relikwiarz z odnalezioną w 1127 (według Roczników Polskich) głową świętego.
W czasie II wojny światowej, gdy zaistniało podejrzenie, iż gestapo – po zmuszeniu do wyjazdu do Inowrocławia wikariusza generalnego katedry ks. Edwarda Blericqa – zażąda wydania srebrnego relikwiarza, co równało się zniszczeniu relikwii, ks. Paul Mattausch poprosił znajomego żołnierza Wehrmachtu Urbana Thelena o przewiezienie paczki z relikwiami z Gniezna do Inowrocławia. Thelen podjął się tej misji – relikwie św. Wojciecha dotarły do ks. Blericqa i zostały wmurowane w posadzce zakrystii kościoła św. Mikołaja, skąd po wojnie wróciły do Gniezna. W roku 1992 Urban Thelen towarzyszył legatowi prymasa Polski w drodze do Kleve, gdzie część uratowanych przezeń relikwii – jako dar Kościoła polskiego – została złożona w ołtarzu kościoła pw. Niepokalanego Poczęcia NMP. W roku 1997 abp Henryk Muszyński zaprosił Thelena na uroczystości 1000-lecia śmierci świętego do Gniezna, gdzie został przedstawiony papieżowi Janowi Pawłowi II.
W nocy z 19 na 20 marca 1986 r. z Archikatedry Gnieźnieńskiej zniknął wykonany przez holenderskiego złotnika Petera von der Renena w roku 1662 srebrny relikwiarz św. Wojciecha. Został on przetopiony. Sprawcy tego incydentu zostali ukarani.
W roku 1999 staraniem ks. prał. Zbigniewa Łuczaka z kapituły łęczyckiej jedna z gnieźnieńskich relikwii trafiła do kolegiaty w Tumie koło Łęczycy, stojącej w miejscu, gdzie według późnej tradycji miano za sprawą św. Wojciecha i Bolesława Chrobrego ustanowić pierwsze w Polsce opactwo benedyktynów.
