W latach 2012–2016 prof. Wawer był dyrektorem Muzeum Wojska Polskiego w Warszawie. Od 2017 r. pełnił funkcję dyrektora Łazienek Królewskich, od 2018 r. członka Rady przy Muzeum II Wojny Światowej w Gdańsku.
Prezydent Rzeczypospolitej Polskiej Andrzej Duda nadał pośmiertnie prof. Zbigniewowi Wawrowi Krzyż Komandorski z Gwiazdą Orderu Odrodzenia Polski za wybitne zasługi w upowszechnianiu wiedzy historycznej, za pielęgnowanie i popularyzowanie polskiego dziedzictwa kulturowego oraz działalność naukową i społeczną.
Podczas ceremonii pogrzebowej odczytano list Prezydenta RP Andrzeja Dudy, który napisał m.in.:
„Zawdzięczamy Panu Profesorowi kilkadziesiąt znakomitych książek i publikacji na temat historii polskiego oręża w latach II wojny światowej. Na zawsze zapisał się w historiografii jako autor monumentalnego dzieła „Monte Cassino”, najpełniejszego polskiego opracowania dotyczącego tej bitwy. Był również twórcą scenariuszy telewizyjnych, realizatorem oraz konsultantem kilkudziesięciu filmów i programów historycznych o wojennych polskich losach XX wieku. Zbigniew Wawer dobrze zasłużył się Polsce. Żegnam Go ze smutkiem i oddaję Mu hołd. Rodzinie, przyjaciołom oraz współpracownikom Zmarłego składam wyrazy głębokiego współczucia.”
Prof. Zbigniew Wawer zmarł po długiej i ciężkiej chorobie w wieku 66 lat. Po mszy świętej w katedrze Polowej Wojska Polskiego, spoczął na Cmentarzu Powązkowskim w Warszawie.
Na podst. prezydent.pl