Od roku 1999 pracuje w Katedrze Organów Akademii Muzycznej w Krakowie, obecnie na stanowisku adiunkta. W roku 2007 obronił w macierzystej uczelni przewód doktorski poświęcony stylom improwizacji w muzyce organowej od XVIII do XX wieku. W roku 2013, na podstawie rozprawy naukowej oraz monografii płytowej poświęconych muzyce organowej kompozytorów krakowskich II połowy XX wieku, uzyskał w Akademii Muzycznej w Krakowie tytuł doktora habilitowanego.
Marek Stefański wystąpił dotychczas z koncertami w większości krajów Europy, w Ameryce Północnej i Południowej oraz Izraelu. Regularnie zapraszany jest na koncerty do Rosji, gdzie stał się jednym z najbardziej znanych zagranicznych organistów. Jest zasłużonym propagatorem polskiej muzyki organowej, szczególnie XX wieku, którą wykonuje równolegle ze sztuką improwizacji organowej. Jego udziałem stały się prawykonania utworów współczesnych polskich kompozytorów, które następnie zarejestrowane zostały jako nagrania archiwalne.
Dokonał także licznych nagrań dla Polskiego Radia, Telewizji Polskiej oraz rozgłośni zagranicznych, jak również nagrań płytowych dla polskich wytwórni fonograficznych DUX, Musicon, Ars Sonora, Fanfara oraz moskiewskiej Art Bene. Po uzyskaniu nominacji do nagrody muzycznej Fryderyk w roku 2006 został członkiem Polskiej Akademii Fonograficznej. Obok solistycznej działalności koncertowej współpracuje z licznymi zespołami chóralnymi oraz wybitnymi wokalistami i instrumentalistami.
W latach 2010/2011 wspólnie z Radio Kraków realizował cykl audycji „Antologia Organów Krakowa”. Wraz z Radiem Rzeszów prezentował na antenie radiowej brzmienie wartościowych organów Podkarpacia. W maju 2016 roku, jako jedyny Europejczyk, reprezentował Stary Kontynent podczas Festiwalu „5 continents – 5 organists” w Seulu w Korei Południowej. Uczestniczył w pracach jury międzynarodowych konkursów organowych w Polsce, Niemczech, Luksemburgu i Rosji.
Jest współzałożycielem i dyrektorem artystycznym Podkarpackiego Festiwalu Organowego oraz Wiosennych Dni z Muzyką Organową w bazylice Jezuitów w Krakowie, pomysłodawcą i współautorem cyklu rozmów „Ukryte sacrum” prezentowanego na antenie Radia Kraków od września 2017 roku.
Od 2017 sprawuje funkcję Wiceprezesa Zarządu Fundacji Promocji Kultury i Sztuki ARS PRO ARTE (www.arsproarte.pl).
W 2019 nakładem Wydawnictwa PETRUS ukazała się książka Organy na krańcach świata – Marek Stefański w rozmowie z Mateuszem Borkowskim, która została uhonorowana Krakowską Książką Miesiąca. Jest twórcą powieści biograficznej Dziedzictwo, o prof. Bronisławie Rutkowskim – twórcy polskiej szkoły organowej.
Wstęp wolny. Organizatorzy zachęcają do składania ofiar na restaurację kościelnych fresków.
Organizatorzy i partnerzy: OPP „Centrum kultury i duchowości w Wilnie”, Kościół Wniebowzięcia Najświętszej Marii Panny, Ambasada Włoch w Wilnie, Instytut Polski w Wilnie.