Jednak, w trosce o stan ekologiczny rzeki Niemen i po uwzględnieniu ewentualnych ujemnych skutków zanieczyszczenia rzeki, Ministerstwo Przetwórstwa Nafty i Produktów Chemii Naftowej ZSRR wybrało nowe miejsce dla rafinerii – nieopodal litewskich Możejek. 25 maja 1970 roku wybrano pierwszego dyrektora rafinerii – Petrasa Jenciusa. W 1971 roku na budowę zakładu przekazano 1323 ha ziemi w rejonie możejskim, w tym wieś Juodeikiai i okolice.

Budowa zakładu
Prace budowlane zakładu trwały od 1972 do 1984 roku. Do roku 1995 w pobliskich Możejkach na potrzeby personelu wzniesiono 117 domów wielomieszkaniowych. Na placach budowlanych dziennie pracowało średnio 3300 różnego rodzaju pracowników.

W 1975 roku do potrzeb grzewczych rafinerii rozpoczęto budowę elektrowni termofikacyjnej. W 1979 roku oddano do użytku rurociąg Połock-Birże-Możejki. Do 1980 roku sfinalizowano prace budowlane pierwszego kompleksu przetwórstwa ropy.

Początek działalności
9 kwietnia 1980 roku zakład wydał pierwszą swoją produkcją – partię mazutu. W tym roku zakład przetworzył 2 mln ton nafty, w miejsce planowanych 6 mln. W 1981 roku rafineria rozpoczęła eksport oleju napędowego do Europy Zachodniej. Zakład i jego działalność poszerzały się. W 1982 roku uruchomiono urządzenie produkcji bitumu (mieszanina substancji organicznych stałych lub ciekłych o dużej lepkości, zwykle czarna lub brunatnoczarna, zawierająca bituminy naturalne lub sztuczne, stosowane w drogownictwie, budownictwie, górnictwie itp. jako środki spajające, izolacyjne, uszczelniające). W 1982 roku rafineria przetworzyła 10,8 mln ton nafty. Za dobre wyniki w 1986 roku rafineria otrzymała sowieckiego „Nobla” z gospodarki – została uznana za zwycięzcę tzw. „sowieckiej zakładowej rywalizacji socjalistycznej”. W 1988 roku rafineria oferowała 36 rodzajów produktów, 12 z nich nadano kategorię najwyższej jakości według standardów ZSRR.

W 1989 roku uruchomiono urządzenie przetwórstwa mazutu i przetworzono 12 mln ton ropy.

W kwietniu-lipcu 1990 r. za dążenia niepodległościowe Litwy Moskwa zastosowała wobec niej blokadę gospodarczą. Dostawy ropy w tym okresie na Litwę zostały wstrzymane. W lipcu 1990 roku dostawy z Rosji wznowiono, nie były one jednak od tej pory regularne.

Droga ku prywatyzacji zakładu
Po ogłoszeniu przez Litwę niepodległości w 1990 roku - 24 stycznia 1991 roku na bazie zakładu powołano państwową spółkę „Nafta”, rok później, do potrzeb eksploatacji ropociągu – państwową spółkę akcyjną „Naftotiekis”.

Najważniejszym w tym okresie dla młodego państwa litewskiego problemem było pozyskanie alternatywnych wobec Rosji źródeł dostaw ropy. W tym celu w lutym 1993 roku podjęto decyzję o budowie terminalu naftowego w Butyndze.

W 1995 roku akcjonariusze spółki podjęli decyzję o przekształceniu państwowej spółki „Nafta” w spółkę akcyjną „Mažeikių nafta”. W samorządzie Połągi powołano też SA „Būtingės nafta", akcjonariuszami której zostali Ministerstwo Energetyki (51 proc.), „Mažeikių nafta” (34 proc.), birżański „Naftotiekis” (5 proc.), samorząd Połągi (5 proc.) i naftowe przedsiębiorstwo państwowe w Kłajpedzie (3 proc.).

W 1996 roku spółka wprowadziła na rynek benzynę z własnym znakiem towarowym „Ventus” i założyła sieć stacji paliwowych „Ventus”.

W 1999 roku skończono budowę terminalu w Butyndze i naftociągu od „Mažeikių nafta” do Butyngi. 21 lipca 1999 roku w terminalu w Butyndze zapełniono pierwszy tankowiec.

Okres „Williams” i „Jukos”
11 września 1998 roku Sejm Litwy podpisał z przedstawicielami spółki USA „Williams International” tymczasową umowę o zarządzaniu przez Amerykanów „Mažeikių nafta”. W 1999 roku „Williams” nabył od litewskiego rządu 66 proc. akcji „Mažeikių nafta”, kilka miesięcy później – kolejne 34 proc.

Okres panowania (1998-2002) „Williams” w „Mažeikių nafta” nie był pomyślny dla litewskiego giganta naftowego. W 1999 roku straty „Mažeikių nafta” opiewały na 89,9 mln litów, w 2000 – 147,6 mln, 2001 – 287,7 mln, 2002 – 185,2 mln litów.

W obliczu przewlekłego kryzysu, w jakim znalazła się „Mažeikių nafta”, „Williams” rozpoczyna rokowania z potencjalnym nabywcą rafinerii z Rosji. 18 czerwca 2002 roku rosyjski koncern naftowy „Jukos”, amerykańska „Williams” i litewski rząd podpisali umowę, na mocy której Rosjanie i Amerykanie podzielili między sobą po 26,85 proc. akcji „Mažeikių nafta” każdy. 40,66 proc. akcji zostało w rękach Gabinetu Ministrów Litwy. We wrześniu 2002 roku „Jukos” wykupił u Amerykanów kolejnych 26,85 proc. akcji rafinerii. Przejął też związane z tym prawa i zobowiązania „Mažeikių nafta”.  

W 2003 roku „Mažeikių nafta” podejmuje decyzję o sponsorowaniu najbardziej popularnego na Litwie sportu – koszykówki. Zostaje sponsorem Litewskiej Ekstraklasy koszykówki.

Rok 2005 staje się dla „Mažeikių nafta” rekordowym. Spółka zarobiła 887,8 mln litów (ponad 257 mln euro). Jest to jak dotąd absolutnie najlepszy wynik dla jednej spółki działającej na terenie Litwy po odzyskaniu niepodległości w 1990 roku.

29 lipca 2006 zostają wstrzymane dostawy ropy ze strony Rosji przez ropociąg „Drużba”. Od tej chwili rafineria pozyskuje ropę wyłącznie przez terminal w Butyndze.    

W składzie koncernu „PKN Orlen”
W 2006 roku z powodu upadłości rosyjskiej firmy „Jukos” kilku potencjalnych kupców z Rosji, Kazachstanu i Polski wyraziło chęć kupna rafinerii ropy naftowej w Możejkach. Po kilku miesiącach negocjacji propozycja polskiej spółki „PKN Orlen” okazała się najbardziej atrakcyjna i spełniała wszystkie wymogi narodowego bezpieczeństwa państwa litewskiego.

9 czerwca 2006 litewski minister gospodarki Kęstutis Daukšys i wiceminister gospodarki Nerijus Eidukevičius podpisali dokumenty sprzedaży. Inwestycja została sfinalizowana 15 grudnia 2006 roku. PKN Orlen SA zapłacił łącznie 2,34 mld USD za kontrolny pakiet 84,36% akcji „Mažeikių nafta” (30,66% wszystkich akcji odkupił od skarbu państwa litewskiego, 53,7% od rosyjskiej firmy „Yukos”). Następnie dokupił akcje od mniejszościowych akcjonariuszy i posiadał 90,02% akcji „Mažeikių nafta”. 29 kwietnia 2009 roku PKN Orlen SA kupił 9,98% udziałów rafinerii od rządu Litwy. Obecnie posiada on 100% akcji „Mažeikių nafta”.  

1 września 2009 r. rafineria zamieniła nazwę na AB „Orlen Lietuva”, sieć stacji paliwowych (30 stacji) „Ventus” przemianowano na „Orlen Lietuva”. Obecnie „Orlen Lietuva” obsługuje system rurociągów o długości ok. 500 km. Włączone w ten system są dwie stacje pompowe koło Birż i Janiszek, naftociągi do rafinerii w Możejkach i portu naftowego w Butyndze i naftociąg prowadzący do Windawy. Prezesem „Orlen Lietuva” jest Ireneusz Fąfara.

W okresie 30 kwietnia-3 czerwca 2012 roku dokonano w rafinerii największego w historii spółki remontu kapitalnego.

W 2013 roku „Mažeikių Nafta”/„Orlen Lietuva” poniosła straty w wysokości 94 mln dolarów USA. W 2014 roku straty „Orlen Lietuva” wyrosły do 194 mln dolarów USA.

Czy wiecie, że...
- „Orlen Lietuva” jest sponsorem organizacji społecznych w mieście Możejki, wspiera imprezy sportowe, kulturalne, rozrywkowe, religijne w Możejkach. Na skalę krajową finansował uczniów i studentów uzdolnionych w dziedzinie chemii i pokrewnych kierunków,

- w 2004 r. przeznaczył na budowę kościoła pod wezwaniem św. Franciszka z Asyżu w Mariampolu 650 000 litów (ponad 187 tys. euro),

- w 2006 roku decyzją Konfederacji Przemysłowców Litwy zdobył złoty medal w kategorii „Produkt Roku” za olej napędowy z biokomponentami,

- w 2008 roku decyzją Konfederacji Przemysłowców Litwy zdobył złoty medal w kategorii „Produkt Roku” za emulgowane paliwo,

- był sponsorem koszykarskiej ekipy mężczyzn Litwy na Igrzyskach Olimpijskich w Pekinie 2008 roku,

- 5 lipca 2009 roku ówczesny dyrektor generalny „Orlen Lietuva” Marek Mroczkowski na mocy dekretu prezydenta Litwy Valdasa Adamkusa został uhonorowany orderem państwowym „Za zasługi wobec Litwy”,

- w 2012 roku w rankingu „500 największych spółek” międzynarodowej sieci spółek handlowych świadczących profesjonalne usługi doradcze i audytorskie Deloitte, należącej do tzw. wielkiej czwórki - obok Pricewaterhouse Coopers, EY i KPMG, „Orlen Lietuva” został uplasowany na 11. miejscu,

- był sponsorem prezydencji Litwy w Unii Europejskiej w 2013 roku,

- na rok 2013 ogólna wartość inwestycji „Orlen” w modernizacje rafinerii przekroczyła jeden miliard dolarów USA,

- „Orlen Lietuva” jest od lat największym podatnikiem na Litwie. W roku 2014 wpłacił do skarbu Litwy 1 mld 327 mln 876 tys. litów (ponad 384 mln 891 tys. euro). Drugi co do wielkości podatnik, również działająca w branży naftowej spółka „Okseta”, zapłaciła ponad dwukrotnie mniej – 617 mln 173 tys. litów.