W latach 1990-1992 Litwa należała jeszcze do strefy rubla i Bank Litwy nie mógł prowadzić aktywnej polityki pieniężnej, dlatego główne siły skierował do przygotowania się do wprowadzenia własnej waluty litewskiej.
1 maja 1992 roku do obiegu wprowadzono, obok aktualnego jeszcze rubla – talony (tzw. „wagnorki"). Ale już 1 października tego roku jedynym środkiem płatniczym na Litwie został talon. Od tego czasu Bank Litwy mógł już samodzielnie wykonywać funkcje banku centralnego.
25 czerwca 1993 roku do obiegu został wprowadzony lit.
W 1993 roku na Litwie działało 28 banków. Kryzys bankowy w 1994 roku poważnie uderzył w krajowy system finansowy. Do 1997 roku trzynastu bankom odebrano licencje oraz wszczęto sprawy upadłościowe. Aby ustabilizować sytuację, w 1995 roku Sejm Litwy przyjął Ustawę o ubezpieczeniu wkładów mieszkańców oraz został założony Fundusz Ubezpieczeniowy Wkładów.
W 1998 roku do litewskiego sektora bankowego wkraczają pierwsi zagraniczni inwestorzy.
Od 2012 roku Bank Litwy zajmuje się kontrolą instytucji finasowych: banków komercyjnych oraz innych instytucji kredytowych i płatniczych, rynku papierów wartościowych i ubiezpieczeniowego.
Od 2012 roku Bank Litwy rozpatruje spory pomiędzy mieszkańcami a placówkami finansowymi.
Po wejściu Litwy do strefy euro Bank Litwy stał się częścią Eurosystemu.
Pierwszym przewodniczącym Banku Litwy był Bronius Povilaitis, który kierował tą instytucją od marca do lipca 1990 roku. Kolejni szefowie Banku Litwy: Vilius Baldišis (1990-1993), Romualdas Visokavičius (marzec-październik 1993 r.), Kazys Ratkevičius (1993-1996), Reinoldijus Šarkinas (1996-2011), Vitas Vasiliauskas (od 2011 roku).
