"Stolica Wileńszczyzny zaznała pod trwającymi 40 dni rządami Sowietów pierwszych w czasie wojny represji. „Kilkuset prominentnych mieszkańców miasta aresztowano i wywieziono na wschód. Po większości z nich ślad zaginął. Od tej chwili represje i prześladowania stały się stałym elementem życia miasta. Zmieniali się tylkoprześladowcy, formy prześladowań oraz prześladowani" – w publikacji „Operacja Ostra Brama. Armia Krajowa w walce o Wilno w lipcu 1944 roku" pisze Sławomir Kalbarczyk z Instytutu Pamięci Narodowej. 

Na mocy układu sowiecko-litewskiego z 10 października 1939 r. władze radzieckie podzieliły województwo wileńskie. Większa jego część trafiła do Białoruskiej SSR, a Wilno i przylegający do niego teren – Litwie.

Ale rządy litewskie w mieście nad Wilią i okręgu wileńskim trwały niedługo. Już w czerwcu 1940 r. Litwa razem z innymi krajami bałtyckimi weszła w skład ZSRS: mniejsza część województwa wileńskiego z Wilnem trafiła do Litewskiej SRR, większa nadal wchodziła w skład wowieckiej Białorusi.

Pod naciskiem sił niemieckich w czerwcu 1941 roku sowieci opuścili Wilno.