Papież Jan Paweł II zmarł 2 kwietnia 2005 roku w wieku 84 lat. Śmierć nastąpiła o godz. 21.37 czasu lokalnego. Przy łożu Jana Pawła II umierającego w papieskich apartamentach byli jego najbliżsi współpracownicy m.in.: abp Stanisław Dziwisz osobisty sekretarz papieża, ks. prof. Tadeusz Styczeń, jego uczeń z KUL, ks. prałat Mieczysław Mokrzycki i opiekujące się Janem Pawłem II na co dzień siostry sercanki. Obecna była także dr Wanda Półtawska, którą z ks. Wojtyłą łączyła wieloletnia współpraca i przyjaźń.

Na dwa dni przed śmiercią Jan Paweł II zawierzył Kościół i świat Bożemu Miłosierdziu. W specjalnym telegramie z 31 marca 2005 roku na uroczystość Bożego Miłosierdzia w Łagiewnikach r., napisał m.in. „Pragnę ponownie zawierzyć tej Miłości Kościół i świat, wszystkich ludzi na całym okręgu ziemi, a także siebie samego w mojej słabości”. Telegram został odczytany w sanktuarium nazajutrz po śmierci papieża, w niedzielę 3 kwietnia.

Świadectwo, jakie dał światu umierający Jan Paweł II, nazwano jego „piętnastą encykliką”. Powszechnie zwracano uwagę, że pomimo ciężkiej choroby chciał wypełnić swa misję do końca; że (w przeciwieństwie do dotychczasowych obyczajów watykańskich) nie czynił ze swojej choroby tajemnicy, że z niezwykłym spokojem przyjmował nadchodzący kres życia, zachęcając otoczenie, by pozostawało radosne, bo on sam zachowuje radość.

Gdy dowiedział się, że na plac św. Piotra przybyły rzesze młodych ludzi, aby modlić się w jego intencji, Jan Paweł II wyszeptał na łożu śmierci: „Szukałem was, a teraz wy przyszliście do mnie i za to wam dziękuję”.

Pogrzeb Jana Pawła II odbył się 8 kwietnia 2005 roku w Rzymie, stając się największym w dziejach świata zgromadzeniem najważniejszych przedstawicieli globu. W pożegnaniu papieża Polaka wzięło udział dwieście oficjalnych delegacji z szefami państw i rządów oraz przedstawicielami rodów królewskich i książęcych, przywódcami wyznań i religii z całego świata i szefami największych organizacji międzynarodowych.

Sześć lat po śmierci został on ogłoszony błogosławionym (1 maja 2011 roku), a następnie świętym Kościoła katolickiego (27 kwietnia 2014 roku).

Pontyfikat Jana Pawła II trwał 26 lat 5 miesięcy i 16 dni i był trzecim co do długości w historii papiestwa – po św. Piotrze i Piusie IX.

Papież Polak odwiedził 129 krajów, w tym Litwę w 1993 roku (4-8 września). Krajem, który papież odwiedzał najczęściej, była Polska. Do ojczyzny odbył dziewięć pielgrzymek.