W XIX i XX w. kościół był kilkakrotnie restaurowany. W 1988 r. przeprowadzone badania ujawniły autentyczny wystrój kościoła, który proponuje się eksponować.
Program konserwacji kościoła w Kalwarii Wileńskiej został zatwierdzony już w 2012 roku, jednak ze względu na brak środków finansowych oraz objętość prac, prace te nie rozpoczęły się.
Obecnie zdecydowano się na etapową realizację projektu, zaczynając od wnętrza prezbiterium kościoła.
W drugim etapie odnowiona zostanie południowa strona kościoła: sklepienia i ściany nawy południowej, południowa strona nawy głównej z pilastrami, malowanymi obrazami i łukami łukowymi. Na tym etapie ma być odnowiona także kaplica północna, w której nie natrafiono na żaden obraz. Mają być usuwane tynki i przywracane pierwotne kolory kaplicy.
W trzecim etapie odnowiona zostanie północna strona kościoła: sklepienia i ściany nawy północnej, łuk wejściowy do kaplicy północnej, ściana nawy głównej z malowanymi obrazami i filarami, arkada chóru organowego i przedsionek.
na podst. BNS
