Mając 22 lata wstąpił do surowego opactwa cystersów w Citeaux, pociągając za sobą trzydziestu towarzyszy młodości, a także pięciu swoich braci, z których jeden zdążył już wcześniej założyć rodzinę, oraz wuja. Niedługo potem również jego ojciec wstąpił do tego opactwa. Żywoty Bernarda głoszą, że wśród niewiast powstała panika, iż nie będą miały mężów, bo wszystko, co było najszlachetniejsze, Bernard zabrał do zakonu.
Przez św. Stefana, opata, został wysłany do założenia nowego opactwa w Clairvaux i został jego pierwszym opatem. W tym samym roku otrzymał święcenia kapłańskie. Miał wówczas 25 lat. W tym opactwie pozostał przez 38 lat jako opat. Nastąpił wówczas wielki rozkwit tego klasztoru, dzięki czemu szybko powstały następne (w liczbie stu sześćdziesięciu ośmiu).
Bernard był nie tylko gorliwym opatem swojej rodziny zakonnej. Zasłynął także jako myśliciel, orator, teolog i kontemplatyk. Założył około trzystu fundacji zakonnych, w tym także cysterską fundację w Jędrzejowie. Wywarł wpływ na życie Kościoła swej epoki. Był jedną z największych postaci XII wieku. Nazwano go „wyrocznią Europy”. Był doradcą książąt, biskupów i papieży. Był zwolennikiem uprawiania teologii kontemplatywnej w klasztorach, w harmonii z żywą wiarą, nie zaś czysto racjonalnej, skupionej na dedukcjach logicznych, do której skłonność mieli teologowie w szkołach katedralnych. Stąd m.in. jego spory z teologami scholastycznymi, choćby z Piotrem Abelardem.
Z polecenia Eugeniusza III ogłosił II krucjatę krzyżową. Napisał regułę templariuszy, zakonu powołanego w 1118 r. do ochrony pielgrzymów od napadów i stania na straży Grobu Chrystusa.
Wyróżniał się także nabożeństwem do Męki Pańskiej. Na widok krzyża zalewał się obfitymi łzami. Bracia zakonni widzieli nieraz, jak czule rozmawiał z Chrystusem ukrzyżowanym. Dla wyrażenia swojej miłości do NMP nie tylko pięknie o Niej pisał, ale często Ją pozdrawiał w Jej świętych wizerunkach. Powtarzał wówczas radośnie Ave, Maria! Legenda głosi, że raz z figury miała mu odpowiedzieć Matka Boża na to pozdrowienie słowami: Salve, Bernardzie! Ikonografia często przedstawia go w tej właśnie sytuacji. Nadzwyczajny dar wymowy zjednał mu tytuł doktora miodopłynnego.
Zmarł w Clairvaux 20 sierpnia 1153 r. Do chwały świętych wyniósł go papież Aleksander III w 1174 roku. Doktorem Kościoła ogłosił Bernarda papież Pius VIII w 1830 roku.
Bernard jest czczony jako patron cystersów, a także pszczelarzy; wzywany jako opiekun podczas klęsk żywiołowych, sztormów oraz w godzinie śmierci.