Zaczął głosić odważne patriotyczne kazania w katedrze wileńskiej oraz w licznych kościołach Wilna i okolic. Zostały one zauważone nie tylko przez podziwiających go wiernych, lecz także przez okupantów.
Doniesienia o działalności polskiego diakona i kierowanych przez niego do wiernych słowach nadziei na odzyskanie wolności przez Polskę musiały wzbudzić u Niemców wielką nienawiść. 3 marca 1942 r., z samego rana, teren wokół seminarium został otoczony przez litewską Saugumę i hitlerowskie Gestapo. Augustyn został aresztowany i osadzony w więzieniu na Łukiszkach. Diakon Piórko trafił do celi wraz z dwoma bliskimi kolegami – Mieczysławem Łapińskim i Józefem Rutkowskim.
Pobyt w więzieniu traktował jako rekolekcje zamknięte „z woli Bożej”. Udało mu się powiadomić matkę i siostry o swoim aresztowaniu. W trakcie doprowadzania go na przesłuchania do siedziby Gestapo wyrzucał ukryte w pudełkach od zapałek listy do matki i sióstr. Zostały one znalezione oraz dostarczone rodzinie przez przygodnych przechodniów.
Podczas ostatniego, jak się okazało, przesłuchania był katowany. W celi leżał nieprzytomny. Nikt nie reagował na wołania kolegów współwięźniów o pomoc dla niego.
Po kilku dniach został przewieziony do szpitala na Zwierzyńcu, gdzie pilnowano go dzień i noc. Matki ani sióstr nie wpuszczono do umierającego. 13 kwietnia 1942 r. odszedł do wieczności nieodzyskawszy przytomności. Ciało zmarłego wydano dopiero po wielkich staraniach rodziny.
Pogrzeb diakona w dniach 14-15 kwietnia 1942 r. stał się wielką manifestacją mieszkańców Wilna. Został pochowany przy kościele w Kalwarii Wileńskiej. W 2000 r. papież Jan Paweł II zaliczył diakona Augustyna Piórkę wraz z 26 męczennikami archidiecezji wileńskiej w poczet chrześcijan-męczenników XX wieku.
