Początki kultu Matki Bożej w Świętej Lipce sięgają XIV wieku. Według legendy, w Kętrzynie (woj. warmińsko-mazurskie) skazanemu na śmierć objawiła się Matka Boża i poprosiła o wyrzeźbienie jej postaci. Nocą, w oczekiwaniu na egzekucję, człowiek ten wyrzeźbił z drewna piękną figurkę Madonny. Rankiem strażnicy znaleźli przy skazańcu rzeźbę i odczytując to za znak bożej łaski, zwrócili skazańcowi wolność.
W wizji Matka Boska poleciła mu odnaleźć okazałą lipę i na niej umieścić figurę.
Po wyjściu z więzienia, w drodze do Reszla, napotkał wspaniałą lipę i postawił na nim figurkę. Niebawem miejsce to zasłynęło cudami i uzdrowieniami. Cudowną figurkę kilkakrotnie przenoszono do kościoła w mieście, za każdym razem rzeźba znikała, aby ponownie pojawić się na drzewie. Uznając to za wolę Bożą, wybudowano przy lipie kaplicę, później kościół.
Kościół w Świętej Lipce, który do dziś ściąga rzesze wiernych, konsekrowano 15 sierpnia 1693 roku. Świątynią odd jej początków opiekują się jezuici.
Obraz, który jest czczony w Świętej Lipce, to wizerunek Matki Bożej z Dzieciątkiem znany jako Matka Boża Świętolipska lub Matka Jedności Chrześcijan. To kopia ikony Matki Bożej Salus Populi Romani z bazyliki rzymskiej. Na zamówienie jezuitów wykonał ją w 1640 r. Bartłomiej Pens, Belg mieszkający w Elblągu, który po zajęciu tego miasta przez Szwedów na stałe przeniósł się do Wilna. Srebrną sukienkę na obraz wykonał złotnik z Królewca Samuel Gräwe.
Obraz Najświętszej Maryi Panny Świętolipskiej został przyozdobiony koronami papieskimi 11 sierpnia 1968 r. Ceremonii dokonał prymas Polski ks. kardynał Stefan Wyszyński, a sumę celebrował kardynał Karol Wojtyła.
Papież Jan Paweł II dekretem z 24 1utego 1983 r. nadał kościołowi w Świętej Lipce tytuł Bazyliki Mniejszej.
W roku 100-lecia odzyskania przez Polskę niepodległości, w 2018 roku, prezydent RP Andrzej Duda wpisał Świętolipskie Sanktuarium na listę Pomników Historii.
Sanktuarium w Świętej Lipce jest jednym z najpopularniejszych miejsc odwiedzanych na Mazurach przez turystów. Świątynia ta jest często odwiedzana również przez mieszkańców Litwy. Leży na szlaku wycieczkowym litewskich turystów, zwiedzających północną Polskę.
