Urodzony prawdopodobnie w Betsaidzie. Według Ewangelii, był rybakiem nad Jeziorem Galilejskim, powołany został przez Jezusa na ucznia wraz ze św. Piotrem i św. Andrzejem w czasie wspólnego połowu ryb.
Uważany jest za najmłodszego z apostołów i umiłowanego ucznia Chrystusa. Św. Jan należał do trzech wybranych uczniów Jezusa. Nie tylko bowiem św. Jan poszedł pierwszy za Jezusem, ale zostawił po nim najpokaźniejsze świadectwo spośród Dwunastu.
Jan, jako jedyny z dwunastu apostołów, nie licząc Judasza, nie zginął śmiercią męczeńską. Według niektórych tradycji, umarł śmiercią naturalną w Efezie na początku panowania cesarza Trajana.
W dniu św. Jana święci się wino, które podaje się wiernym do picia. Ta tradycja, sięgająca czasów średniowiecza, związana jest z legendą, według której św. Jan miał pobłogosławić kielich zatrutego wina. Ponoć cesarz Domicjan, który wezwał apostoła do Rzymu, by tam go zgładzić, podał mu kielich zatrutego wina. Św. Jan pobłogosławił go, a kielich się rozpadł.
Jan jest patronem aptekarzy, zawodów związanych z pisaniem i przepisywaniem, także dziewic, wdów, ślusarzy, teologów.