Informację o śmierci papieża podał na placu świętego Piotra abp Leonardo Sandri, mówiąc: „Najdrożsi bracia i siostry, o godz 21.37 nasz ukochany Ojciec Święty powrócił do Domu Ojca. Módlmy się za niego”.

Jan Paweł II od 1992 cierpiał na postępującą chorobę Parkinsona. Jego długoletnie zmagania z chorobą i ze starością były osobistym przykładem głoszonych na ten temat poglądów, w których podkreślał godność ludzkiego cierpienia i odnosił je do męki Chrystusa.

Pogorszenie stanu zdrowia papieża rozpoczęło się 1 lutego 2005. Przez ostatnie dwa miesiące życia Ojciec Święty wiele dni spędził w szpitalu i nie udzielał się publicznie.

Na przełomie marca i kwietnia z Watykanu zaczęły napływać niepokojące komunikaty o stanie zdrowia papieża Polaka. W ciągu ostatnich dwóch dni życia papieża nieustannie towarzyszyli mu wierni z całego świata, ze smutkiem i niepokojem śledząc wiadomości ze Stolicy Piotrowej oraz trwając na modlitwie w jego intencji.

W czwartek 31 marca tuż po godzinie 11, gdy Jan Paweł II udał się do swej prywatnej kaplicy, wystąpiły u niego silne dreszcze, ze wzrostem temperatury ciała. Był to początek wstrząsu septycznego połączonego z zapaścią sercowo-naczyniową. Czynnikiem wywołującym była infekcja dróg moczowych w osłabionym chorobą Parkinsona i niewydolnością oddechową organizmie.

Uszanowano wolę papieża, który chciał pozostać w domu i mieć dużo spokoju. Podczas Mszy przy jego łożu, którą Jan Paweł II koncelebrował z przymkniętymi oczyma, kardynał Marian Jaworski udzielił mu sakramentu namaszczenia. 2 kwietnia, w dniu śmierci, o godzinie 7.30 rano, papież zaczął tracić przytomność, a późnym porankiem przyjął jeszcze watykańskiego sekretarza stanu kardynała Angela Sodano. Później tego samego dnia doszło do gwałtownego wzrostu temperatury. Około godziny 15.30 bardzo słabym głosem papież powiedział: Pozwólcie mi iść do domu Ojca. O godzinie 19 wszedł w stan śpiączki, a monitor wykazał postępujący zanik funkcji życiowych. Osobisty lekarz papieski Renato Buzzonetti stwierdził śmierć papieża Jana Pawła II o godzinie 21.37 czasu miejscowego, a elektrokardiograf wyłączono po 20 minutach od tej chwili.

Zmarł po zakończeniu Apelu Jasnogórskiego, w pierwszą sobotę miesiąca i wigilię Święta Miłosierdzia Bożego, w 9666. dniu swojego pontyfikatu.

Na dwa dni przed śmiercią Jan Paweł II zawierzył Kościół i świat Bożemu Miłosierdziu.

Pragnąc uczcić papieża w 16. rocznicę jego śmierci, 2 kwietnia o godz. 12 wolontariusze i osoby wspierające Hospicjum im. bł. Ks. Michała Spoćki w Wilnie wyruszą w sztafetowym jednoosobowym „Biegu Nadziei” w miejsca związane ze Św. Janem Pawłem II w Wilnie oraz z hospicyjnymi „Polami Nadziei”.

Symboliczna sztafeta pobiegnie przez czternaście punktów na mapie Wilna tworząc czternaście stacji Drogi Krzyżowej. Zakończeniem biegu będzie modlitwa o godz. 15 przed cudownym obrazem Matki Miłosierdzia w Ostrej Bramie, zawierzając Jej misję hospicyjną, podopiecznych hospicjum i ich rodziny, darczyńców hospicjum, wszystkich mieszkańców oraz prosząc o ustanie pandemii.