Polski kardynał został wybrany na papieża przez drugie zgromadzenie kardynałów po śmierci Jana Pawła I, który zmarł po trzydziestu trzech dniach pontyfikatu. Karol Wojtyła został wybrany trzeciego dnia konklawe i przyjął imiona Jan Paweł II dla uhonorowania swojego poprzednika.
Jego wybór na Stolicę Piotrową miał szczególny wpływ na wydarzenia w Europie Wschodniej i w Azji w latach 80. i 90. XX wieku, w szczególności na przemiany demokratyczne w Polsce i w innych krajach bloku wschodniego.
Św. Jan Paweł II jest szczególnie ważny dla Litwy. Był to pierwszy papież, który odwiedził Litwę, a jego wizyta we wrześniu 1993 roku udzieliła istotnego wsparcia moralnego i dyplomatycznego krajowi, który właśnie odzyskał niepodległość. Ta wizyta wzmocniła ducha narodu i dążenie do jedności.
Za główny cel swojego papiestwa Jan Paweł II postawił sobie transformację i zmianę położenia Kościoła katolickiego, chciał „postawić swój Kościół w sercu nowego sojuszu religijnego, który zgromadziłby Żydów, muzułmanów i chrześcijan w wielkiej religijnej armadzie”. Przyczynił się do poprawienia relacji Kościoła katolickiego z judaizmem, islamem, z Kościołem prawosławnym oraz Wspólnotą anglikańską.
Jan Paweł II podzielał nauczanie Kościoła w takich kwestiach jak utrzymanie celibatu, potępienie mechanicznej, chemicznej i hormonalnej antykoncepcji oraz niedopuszczenie kobiet do święcenia, za co był przez niektórych krytykowany, i choć popierał reformy soboru watykańskiego II, był postrzegany jako konserwatywny w swojej interpretacji tych reform.
W trakcie pontyfikatu odwiedził 129 krajów. Beatyfikował 1340 osób i kanonizował 483, więcej niż wszyscy jego poprzednicy w okresie pięciu poprzedzających wieków. Do czasu swojej śmierci powołał większość składu Kolegium Kardynałów, konsekrował znaczną liczbę biskupów na świecie i wyświęcił wielu księży.
Jan Paweł II był pierwszym papieżem spoza Włoch od czasu holenderskiego papieża Hadriana VI (1522–1523), a także drugim najdłużej urzędującym papieżem we współczesnej historii po papieżu Piusie IX (1846-1878).
Zmarł 2 kwietnia 2005 roku. W ceremonii pogrzebowej uczestniczyły delegacje z ponad 150 państw, a w Polsce ogłoszona została sześciodniowa żałoba narodowa. Proces beatyfikacyjny Jana Pawła II rozpoczął się miesiąc po jego pogrzebie, z pominięciem tradycyjnego pięcioletniego okresu oczekiwania. Został beatyfikowany 1 maja 2011, po czym 27 kwietnia 2014 został kanonizowany, równocześnie z papieżem Janem XXIII. Wydarzenie to przeszło do historii Kościoła z powodu ogłoszenia świętymi dwóch papieży w obecności dwóch biskupów Rzymu – urzędującego Franciszka i emerytowanego Benedykta XVI.
