Wielkie tłumy wiernych z Włoch i całego świata, zgromadzone na Placu św. Piotra w Watykanie, przyjęły tę wiadomość z ogromną radością i entuzjazmem. Przed Bazyliką Watykańską zgromadziło się 100 tys. osób.
13 marca 2013 podczas drugiego dnia konklawe, zwołanego w związku z rezygnacją papieża Benedykta XVI, w piątym głosowaniu został wybrany na nowego papieża. Tradycyjny biały dym, obwieszczający światu wybór nowej głowy Kościoła, pojawił się o godz. 19:06 czasu rzymskiego.
Franciszek na początku inauguracyjnego wystąpienia odmówił Modlitwę Pańską za swojego poprzednika, Benedykta XVI. Następnie poprosił wiernych o odmówienie modlitwy za swój pontyfikat, po czym udzielił pierwszego błogosławieństwa Urbi et Orbi. Wezwał też do modlitwy o ogólnoświatowe braterstwo.
Wybór imienia podyktowany został chęcią zajęcia się problemami biednych i nędzarzy, na wzór św. Franciszka z Asyżu, jak to zostało zakomunikowane przez elekta kardynałom tuż po wyborze.
Już dzień po wyborze papież Franciszek opuścił mury Watykanu, udając się do Bazyliki Matki Bożej Większej. Miejsce to jest szczególne dla zakonu jezuitów – tam pierwszą mszę św. odprawił św. Ignacy Loyola.
Uroczysta inauguracja pontyfikatu Franciszka odbyła się 19 marca 2013 r. Według źródeł watykańskich, we Mszy św. inauguracyjnej wzięło udział ok. 200 tys. wiernych.