Kult St. Kostki zrodził się natychmiast i spontanicznie. Kiedy w dwa lata później otwarto jego grób, znaleziono ciało świętego rzekomo nietknięte rozkładem. Został beatyfikowany w 1602 przez papieża Pawła V i kanonizowany przez Benedykta XIII 31 grudnia 1726.
Relikwie świętego spoczywają w kościele św. Andrzeja na Kwirynale w Rzymie. Dwieście lat po kanonizacji sprowadzono do Polski cząstkę jego relikwii. W uroczystościach jubileuszowych wziął udział prezydent RP Ignacy Mościcki. Od 18 września 2011 część relikwii spoczywa w parafii św. Stanisława Kostki w Sulechowie.
Stanisław Kostka został jednym z głównych patronów Korony Polskiej i Litwy w 1674, ale już od 1961 jest patronem: Polski, archidiecezji łódzkiej i warszawskiej oraz diecezji chełmińskiej i płockiej, miast: Gniezna, Lublina, Lwowa, Poznania i Warszawy. Jest też patronem studentów oraz nowicjuszy i nowicjuszek, alumnów, polskiej młodzieży, a także Katolickiego Stowarzyszenia Młodzieży. Papież Jan XXIII w 1962 roku potwierdził trwający od 1674 r. patronat św. Stanisława Kostki nad Polską.
W ikonografii przedstawiany jest w stroju jezuity, najczęściej jako przyjmującego Komunię Świętą z rąk anioła lub św. Barbary.
