Arūnas Poniškaitis urodził się 1 sierpnia 1966 roku w rejonie szakowskim na Litwie. Studia w seminarium duchownym podjął w roku 1987.
Studiował teologię w Rzymie, jest doktorem nauk teologicznych.
Po powrocie na Litwę kapłan był proboszczem w Olicie, następnie pracował w charakterze ojca duchownego w seminarium duchownym w Mariampolu, w latach 2001-2009 wykładał teologię fundamentalną na Uniwersytecie Witolda Wielkiego, prowadził kursy w seminarium duchownym w Mariampolu i Kolegium w Mariampolu.
W roku 2003 ksiądz został mianowany notariuszem kurii archidiezecji wyłkowyskiej, w 2004 roku – wikarym generalnym biskupa wyłkowyskiego. W roku 2005 kapłan uzyskał tytuł Monsiniora.
5 lutego 2010 papież Benedykt XVI mianował go biskupem pomocniczym archidiecezji wileńskiej, ze stolicą tytularną Sinna. Sakry biskupiej udzielił mu kard. Audrys Bačkis.
