Apostolat Stanisław realizował jako kaznodzieja. Wygłaszał kazania w języku polskim i niemieckim, które potem zostały połączone w zbiory, podnosząc w nich znaczenie pełnego uczestnictwa we Mszy świętej, o Eucharystii i Matce Bożej.
Jego postawa budziła u wiernych zaufanie, zwracali się więc do niego o rady i pomoc ludzie wszystkich stanów. Troszczył się o ubogich, chorych, współbraci kanoników z klasztoru. Żył wierny duchowi reguły św. Augustyna. Jeden z hagiografów napisał: „Mową swoją łagodną i słodkim językiem bojaźń Bożą wmawiał z wielkim pożytkiem”, jednak nie zawsze „był pochlebny, ale śmiele w pospolitości grzechy ludzkie ganił”.
Jak podają przekazy, zmarł w klasztorze w postawie klęczącej. Pochowany został na własną prośbę pod posadzką kościoła Bożego Ciała w Krakowie, a grób stał się miejscem kultu.
Do rozpowszechnienia kultu Stanisława przyczyniła się pamięć o jego stosunku do Eucharystii, modlitwy, pracy i wypełnianiem swoich obowiązków kapłańskich. Za życia cieszył się opinią świętego. Błogosławieństwu Stanisława późniejszy król Jan I Olbracht przypisywał zwycięstwo nad Tatarami 8 września 1487 r. w bitwie pod Kopystrzyniem.
Stanisław zaraz po śmierci zaliczony został do grupy sześciu błogosławionych felicis saeculi Cracoviae, razem z Izajaszem Bonerem, św. Janem Kantym, św. Szymonem z Lipnicy, Michałem Giedroyciem i Świętosławem Milczącym. W kilka lat po śmierci zgromadzono spis 176 łask doznanych za jego wstawiennictwem i dokonano elewacji, przenosząc szczątki z prezbiterium kościoła nad posadzkę, a w 1632 r. do wystawionego sarkofagu. Był patronem Kazimierza, a relikwie Stanisława znajdowały się w wieży ratusza.
Dzieje, pośmiertne cuda i kult Stanisława były inspiracją dla malarzy, m.in. Łukasza Porębskiego („Imago visionis Servi Dei”, 1619). W kościele Bożego Ciała znajduje się jego obraz, zwany Felix saeculum Cracoviae („Szczęśliwy wiek Krakowa”), na którym znajduje się wizerunek św. Kazimierczyka pośród wspomnianych świątobliwych mężów. Zachowały się też obrazy z XVI wieku, feretrony i obrazy wotywne.
Zabiegi mające doprowadzić do beatyfikacji Stanisława rozpoczęto w 1767 roku, a po odzyskaniu niepodległości podjął je ks. Augustyn Błachut. Po II wojnie światowej proces ten podjęto ponownie i w 1969 roku w czasie wizytacji parafii kanoników regularnych Bożego Ciała abp kardynał Karol Wojtyła przed ołtarzem Stanisława odprawił Mszę Świętą. 15 grudnia 1972 r. powołał on Komisję Historyczną, która zbierała dokumenty świadczące o świętości Stanisława. Kardynał Franciszek Macharski w 1986 r. wypowiedział się o legalności kultu oddawanego Stanisławowi Kazimierczykowi. 21 grudnia 1992 roku Jan Paweł II zaaprobował kult Stanisława.
18 kwietnia 1993 na Placu św. Piotra w Rzymie papież Jan Paweł II beatyfikował Stanisława Kazimierczyka.
19 grudnia 2009 roku papież Benedykt XVI podpisał dekret o cudzie za wstawiennictwem Stanisława Kazimierczyka, co umożliwiło jego kanonizację, która nastąpiła w Rzymie 17 października 2010 roku.
Wspomnienie liturgiczne Stanisława Kazimierczyka obchodzone jest w Kościele katolickim w dzienną rocznicę śmierci (3 maja), a także 5 maja (w Polsce).
