Prof. dr hab. Wojciech Fałkowski jest historykiem specjalizującym się w historii średniowiecza. Po studiach na Uniwersytecie Warszawskim otrzymał stanowisko asystenta, z którego został po roku zwolniony w związku z udziałem w akcji pomocy robotnikom z Ursusa po wypadkach w 1976 r. Współpracownik KOR i organizator podziemnych wydawnictw, pozostawał bez pracy do czasu powstania NSZZ „Solidarność”. Po powrocie na Uniwersytet doktoryzował się w 1986 r.
Od 1993 do 2001 r. pełnił funkcję sekretarza generalnego Polskiego Komitetu ds. UNESCO. Przez dwie kadencje był również członkiem Rady Naukowej międzynarodowego programu UNESCO „Pamięć świata”. Habilitował się w 2000 r.; dwa lata później został doradcą prezydenta Warszawy Lecha Kaczyńskiego. Był szefem zespołu szacującego straty miasta w czasie II wojny światowej.
Przez cztery lata (2008-2012) wykładał na paryskiej Sorbonie jako profesor gościnny, a od 2013 r. jest profesorem tytularnym. Prof. Wojciech Fałkowski był też przewodniczącym Stałego Komitetu Mediewistów Polskich (2003-2012), a od 1994 r. także redaktorem naczelnym międzynarodowego rocznika naukowego „Quaestiones Medii Aevi Novae”.
Odznaczony Złotym Krzyżem Zasługi i Krzyżem Oficerskim Orderu Odrodzenia Polski oraz łotewskim Krzyżem Oficerskim Orderu Zasługi.