Ma on zastąpić ambasadora RP na Litwie Janusza Skolimowskiego, który to stanowisko piastował od roku 2005.
Jarosław Czubiński podjął pracę w Ministerstwie Spraw Zagranicznych RP w 1985 r. Do 1990 r. pracował w Departamencie Prawno-Traktatowym, gdzie pełnił funkcję m. in. radcy prawnego. W l. 1990–1995 był zatrudniony w Konsulacie Generalnym oraz Ambasadzie w Mińsku na stanowiskach attaché, wicekonsula oraz II sekretarza.
Po powrocie do Polski był doradcą ministra oraz p. o. kierownika Wydziału Prawno-Konsularnego w Departamencie Konsularnym i Wychodźstwa MSZ. W 1997 r. został naczelnikiem Wydziału Opieki Konsularnej, a rok później wicedyrektorem Departamentu Konsularnego. W l. 1998–2002 pełnił obowiązki dyrektora tego Departamentu, a po reorganizacji – Departamentu Konsularnego i Polonii.
Od 2002 do 2008 r. pracował na stanowisku Konsula Generalnego RP w Kaliningradzie. Po powrocie do Polski objął funkcję szefa Departamentu Konsularnego i Polonii (później Departamentu Konsularnego). W 2010 r. został Dyrektorem Generalnym Służby Zagranicznej.