W 2007 roku prezydent Litwy Valdas Adamkus w trybie specjalnym nadał Mekasowi obywatelstwo litewskie.

Jonas Mekas urodził się 24 grudnia 1922 roku w Semeniškiai w pobliżu Birż. W 1943 roku skończył gimnazjum w Birżach, a za rok wyjechał z Litwy, by rozpocząć studia w Wiedniu. Podczas podróży przez Niemcy jego pociąg został zatrzymany przez nazistów i wraz z bratem Adolfasem Mekasem trafił do obozu pracy w Elmshorn, na obrzeżach Hamburga. Po ośmiu miesiącach bracia uciekli i do końca wojny ukrywali się na farmie w pobliżu duńskiej granicy.

Po wojnie Mekas przebywał w obozach dla uchodźców w Wiesbaden i Kassel. W latach 1946-1948 studiował filozofię na Uniwersytecie w Moguncji, a z końcem 1949 roku wyemigrował wraz z bratem do Stanów Zjednoczonych. Osiedlili się w Williamsburg w pobliżu Brooklynu w Nowym Jorku.

Po nabyciu kamery filmowej zaczął nagrywać epizody ze swego życia, a w 1956 roku zaczął tworzyć filmy. Stał się jednym z głównych twórców awangardy filmowej w Ameryce.

Na Litwie Mekas jest znany jako poeta oraz prozaik. Jego dzieła ukazywały się zarówno w języku litewskim, jak i po angielsku. Publikował też liczne dzienniki i pamiętniki m.in. I Had Nowhere to Go: Diaries, 1944-1954, Letters from Nowhere i Just like a Shadow, a także teksty krytyczne, teoretyczne oraz dotyczące praktycznej strony realizacji filmu.

10 listopada 2007 roku Jonas Mekas otworzył Jonas Mekas Visual Arts Center w Wilnie. Znajdują się w nim archiwa i biblioteka poświęcone awangardzie filmowej, których przeważającą część stanowią zbiory Mekasa oraz Jurgisa Mačiūnasa, twórcy ruchu artystycznego Fluxus. Mekas planuje również budowę Fluxus Research Institute (Instytut Badań nad Fluxus).

Znał się i pracował z Jurgisem Mačiūnasem, Andy Warholem, Johnem Lennonem, Yoko Ono, Salvadorem Dali.

Mekas jest laureatem narodowej nagrody kultury i sztuki, odznaczony Wielkim Krzyżem orderu „Za zasługi dla Litwy”.