Parafia pw. św. Józefa jest jedną z najmłodszych w Wilnie. Została założona w 1999 roku, gdy ówczesny arcybiskup Wilna metropolita Audrys Juozas Bačkys podpisał dekret ustanawiający parafię św. Józefa.
Najpierw wierni modlili się w sali Szkoły Średniej im. Martynasa Mažvydasa, następnie w wybudowanej kaplicy św. Józefa. Kamień węgielny pod budowę nowej świątyni wkopano w 2016 roku.
Obecnie nabożeństwa w kościele odprawiane są w języku polskim i litewskim.
Transmisja mszy św. z kościoła pw. św. Józefa w Wilnie zostanie odprawiona o godz. 12. 55 czasu litewskiego (godz. 11. 55 czasu polskiego). Zapraszamy zarówno widzów oglądających TVP Wilno na Litwie, jak i wiernych z całego świata, którzy będą mogli uczestniczyć we mszy św. za pośrednictwem strony internetowej tego kanału (wilno.tvp.pl).