Było jednym z pięciu największych gett utworzonych przez hitlerowców w Generalnym Gubernatorstwie w czasie II wojny światowej. Przed wojną Kraków zamieszkiwała 60-80 tysięczna społeczność żydowska.
Prześladowania Żydów rozpoczęły się wkrótce po rozpoczęciu okupacji we wrześniu 1939 roku. Na Żydów nałożono obowiązek uczestniczenia w pracach przymusowych (wrzesień 1939), noszenia opasek identyfikacyjnych (listopad 1939), synagogi w Krakowie zostały zamknięte, a kosztowności zarekwirowane.
Do maja 1940 z rozkazu niemieckich władz okupacyjnych zarządzono deportację Żydów z terenu miasta Krakowa. Z ok. 68 tys. zostało tylko ok. 15 tys. pracowników żydowskich i członków ich rodzin.
Getto krakowskie zostało powołane zarządzeniem gubernatora dystryktu krakowskiego dra Otto Wächtera z 3 marca 1941 roku, z dniem zamknięcia wyznaczonym na 21 marca. Getto powstało w części dzielnicy Podgórze, którą pierwotnie zamieszkiwało 3 tys. ludzi, na powierzchni ok. 20 hektarów i obejmowało 15 ulic (lub ich fragmentów) oraz 320 domów i 3167 pokojów. Cała dzielnica została otoczona drutem kolczastym, a w kwietniu rozpoczęto wznoszenie wysokiego muru (w kształcie żydowskich nagrobków – macew) otaczającego getto, będącego symbolem losu ludzi skazanych na niewolnictwo. Fragment muru getta zachował się m.in. przy ulicy Lwowskiej, obecnie znajduje się na nim pamiątkowa tablica. Do getta prowadziły trzy bramy: na placu Zgody (obecnie Plac Bohaterów Getta), u wylotu ul. Lwowskiej, oraz na granicy wylotu ul. Limanowskiego i Rynku Podgórskiego. Bramy do getta były pod silną strażą. Okna wychodzące na stronę "aryjską" zostały zamurowane. Mieszkańcom getta od początku doskwierało ogromne przeludnienie – tam, gdzie poprzednio żyło 3,5 tysiąca osób, nagle stłoczono 16 tysięcy ludzi. Metraż na jedną osobę wynosił zaledwie 2 m².
15 października 1941 roku dzielnica stała się oficjalnie dzielnicą zamkniętą: za jej przekroczenie bez specjalnej przepustki groziła kara śmierci. W ten sam sposób karano także osoby udzielające schronienia Żydom poza granicami getta.
Pod koniec maja 1942 roku okupanci hitlerowscy podjęli na terenie Krakowa wielkie akcje deportacji ludności żydowskiej do obozów zagłady. W nocy z 31 maja na 1 czerwca 1942 funkcjonariusze Gminy Żydowskiej w asyście OD-manów przeprowadzili kontrolę tzw. kart rozpoznawczych, która stała się pretekstem do wysiedlenia ok. 5 tysięcy ludzi. 30 maja 1942 roku Niemcy rozpoczęli systematyczną wywózkę Żydów z getta do obozu zagłady w Bełżcu. W ciągu następnych miesięcy wywieziono tysiące osób. 27 października 1942 roku deportowano 5 tysięcy ludzi (także chorych ze szpitala i dzieci z sierocińca), a 28 października ok. 6 tysięcy Żydów wywieziono lub pognano na piechotę do obozu przejściowego w Płaszowie. Pod koniec roku getto podzielono na dwie części – "A" przeznaczoną dla osób zdolnych do pracy oraz "B" dla dzieci, osób starszych i chorych. Linia graniczna przechodziła wzdłuż placu Zgody. W marcu 1943 roku komendant obozu pracy w Płaszowie Amon Göth polecił przesiedlić mieszkańców getta A do płaszowskiego kacetu.
W dniach 13-14 marca 1943 roku hitlerowcy przeprowadzili ostateczną likwidację getta. Na czele operacji stanął SS-Sturmbannführer Willi Haase. 8 tysięcy Żydów uznanych za zdolnych do pracy zostało przetransportowanych do obozu Kraków-Płaszów. Około 2 tysięcy zostało zamordowanych przez Niemców podczas likwidacji getta, a reszta w obozie Auschwitz-Birkenau.
W getcie krakowskim powstały żydowskie grupy oporu (Żydowska Organizacja Bojowa), które ze wsparciem Armii Krajowej podejmowały różne działania w tym akcje zbrojne. W odróżnieniu od getta warszawskiego nie doszło tutaj do wybuchu powstania przed likwidacją getta. Wydawana była gazeta dla Żydów - "Gazeta Żydowska"
Z ponad 60-tysięcznej społeczności żydowskiej w Krakowie wojnę przeżyło około tysiąc osób.