Jak doszło do tej wielkiej powodzi? Litewska Służba Hydrometeorologii tłumaczy, że jesienią 1930 roku w dorzeczu Wilii ilość opadów była o 13 proc. wyższa od normy, co sprawiło, że poziom wody przed zamarznięciem rzeki był wyższy o 114 cm od normy wieloletniej. Na początku zimy ziemia była bardzo mokra i szybko nastąpiło przemarzanie gruntu. Zima 1930-1931 roku była śnieżna i długa. Śnieg zaczął topnieć dopiero w połowie kwietnia i przy wysokich temperaturach powietrza (temperatura wynosiła do +19°C) woda z topniejącego śniegu zaczęła w szybkim tempie spływać powierzchnią ziemi do rzeki.

21 kwienia 1931 roku Wilia i Wilenka wyszły z brzegów i zatopiły niżej położone ulice Wilna.

26 kwietnia odnotowano maksymalny przepływ Wilii w Wilnie – wyniósł 1690 m³/s (dla porównania podczas obecnych powodzi jest on około 6-7 razy niższy). Pod wodą znalazł się plac Katedralny, obecne ulice T. Vrublevskio, Tilto, Žygimantų, dzielnice Antokol i Zwierzyniec.

To właśnie wielka powódź odsłoniła tajemnice wileńskiej katedry – odkryto krypty ze szczątkami członków królewskiego rodu, m.in. króla Władysława IV, króla Aleksandra Jagiellończyka, pierwszej żony Zygmunta Augusta – Elżbiety , Barbary Radziwiłłówny.

Na ścianie budynku Biblioteki im. Wróblewskich Akademii Nauk w Wilnie zaznaczono linię z maksymalnym poziomem wody powodziowej w 1931 roku.